Главная
Учебные материалы

PDB_1ESM

        HEADER    TRANSFERASE                             10-APR-00   1ESM              
	TITLE     STRUCTURAL BASIS FOR THE FEEDBACK REGULATION OF ESCHERICHIA           
	TITLE    2 COLI PANTOTHENATE KINASE BY COENZYME A                               
	COMPND    MOL_ID: 1;                       
	COMPND   2 MOLECULE: PANTOTHENATE KINASE;  
	COMPND   3 CHAIN: A, B, C, D;              
	COMPND   4 SYNONYM: PANK;                  
	COMPND   5 EC: 2.7.1.33;                   
	COMPND   6 ENGINEERED: YES              
	
Вид поля HEADER: HEADER TRANSFERASE
По моему мнению, поле HEADER содержит информацию о типе описанного в файле белка (Transferase - Трансфераза)
Вид поля TITLE: TITLE STRUCTURAL BASIS FOR THE FEEDBACK REGULATION OF ESCHERICHIA TITLE 2 COLI PANTOTHENATE KINASE BY COENZYME A
Соответственно описание содержимого файла: Структурная основа для регулировки активности пантотенатокиназы механизмом обратной связи коэнзимом А.
Поле COMPND , по всей видимости, содержит общую информацию о структуре макромолекулы: название макромолекулы, количество входящих в нее молекул, количество белковых цепочек в молекулах, альтернативное название и код по номенклатуре ЕС, информацию о том, было ли вещество искусственно синтезировано.
Поле SEQRES содержит информацию о аминокислотной последовательности белка: о аминокислотной последовательности каждой цепи белка, о количестве остатков в каждой цепи.
По содержимому полей HET, HETNAM, MODRES, FORMUL можно составить следующую таблицу:
IDНазвание лигандаФормулаЧисло копий(номера остатков)Комментарии
MSESELENOMETHIONINEC5 H11 N1 O2 SE124 (Остатки:9,29,142,153,208,275 в каждой цепи)Модифицированные добавлением атома Se (Селена) остатки метионина
COACOANZYME AC21 H36 N7 O16 P3 S14Коэнзим А — одно из немногих веществ в организме, участвующее в процессе переваривания и белков, и жиров, и углеводов.
HOHWaterH2 O1301Вода. По всей видимости при РСА не удалось провести абсолютную очистку кристаллического белка от воды.

Краткое описание цепи B

Идентификатор цепиКоличество остатковНазвание молекулыКомментарии
B316PANTOTHENATE KINASEПантотенатокиназа – фермент участвующий в процессе синтеза коэнзима А
Изображение цепи B в остовной модели
Всего в белке 102 элемента вторичной структуры: из них 70 альфа-спиралей и 32 бета-листа, но так как все 4 цепи белка абсолютно идентичны, достаточно будет рассмотреть только одну цепь (например В), учитывая тот факт, что все что верно для нее, верно и для остальных цепей, с точностью до обозначений.Также, судя по соотношению количества альфа-спиралей к количеству бета-листов, белок типа "альфа+бета"
Изображение всех цепей белка в остовной модели с раскраской по цепям вместе с лигандами в шарнирной модели.
©Залевский, Артур, 2007