|
PDB_1ESM
|
HEADER TRANSFERASE 10-APR-00 1ESM
TITLE STRUCTURAL BASIS FOR THE FEEDBACK REGULATION OF ESCHERICHIA
TITLE 2 COLI PANTOTHENATE KINASE BY COENZYME A
COMPND MOL_ID: 1;
COMPND 2 MOLECULE: PANTOTHENATE KINASE;
COMPND 3 CHAIN: A, B, C, D;
COMPND 4 SYNONYM: PANK;
COMPND 5 EC: 2.7.1.33;
COMPND 6 ENGINEERED: YES
|
Вид поля HEADER: HEADER TRANSFERASE
По моему мнению, поле HEADER содержит информацию о типе описанного в файле белка (Transferase - Трансфераза)
|
Вид поля TITLE: TITLE STRUCTURAL BASIS FOR THE FEEDBACK REGULATION OF ESCHERICHIA
TITLE 2 COLI PANTOTHENATE KINASE BY COENZYME A
Соответственно описание содержимого файла: Структурная основа для регулировки активности пантотенатокиназы механизмом обратной связи коэнзимом А.
|
Поле COMPND , по всей видимости, содержит общую информацию о структуре макромолекулы: название макромолекулы, количество входящих в нее молекул, количество белковых цепочек в молекулах, альтернативное название и код по номенклатуре ЕС, информацию о том, было ли вещество искусственно синтезировано. |
Поле SEQRES содержит информацию о аминокислотной последовательности белка: о аминокислотной последовательности каждой цепи белка, о количестве остатков в каждой цепи.
|
По содержимому полей HET, HETNAM, MODRES, FORMUL можно составить следующую таблицу: |
ID | Название лиганда | Формула | Число копий(номера остатков) | Комментарии |
MSE | SELENOMETHIONINE | C5 H11 N1 O2 SE1 | 24 (Остатки:9,29,142,153,208,275 в каждой цепи) | Модифицированные добавлением атома Se (Селена) остатки метионина |
COA | COANZYME A | C21 H36 N7 O16 P3 S1 | 4 | Коэнзим А — одно из немногих веществ в организме, участвующее в процессе переваривания и белков, и жиров, и углеводов. |
HOH | Water | H2 O1 | 301 | Вода. По всей видимости при РСА не удалось провести абсолютную очистку кристаллического белка от воды. |
|
Краткое описание цепи B |
Идентификатор цепи | Количество остатков | Название молекулы | Комментарии |
B | 316 | PANTOTHENATE KINASE | Пантотенатокиназа – фермент участвующий в процессе синтеза коэнзима А |
|
| Изображение цепи B в остовной модели |
|
Всего в белке 102 элемента вторичной структуры: из них 70 альфа-спиралей и 32 бета-листа, но так как все 4 цепи белка абсолютно идентичны, достаточно будет рассмотреть только одну цепь (например В), учитывая тот факт, что все что верно для нее, верно и для остальных цепей, с точностью до обозначений.Также, судя по соотношению количества альфа-спиралей к количеству бета-листов, белок типа "альфа+бета" |
| Изображение всех цепей белка в остовной модели с раскраской по цепям вместе с лигандами в шарнирной модели. |
|
|