|
|
Доменная организация белка COAA_Ecoli
- Cхематическое изображение доменной структуры COAA_Ecoli
в базе данных PFAM
- Домен отмеченный на пространственной структуре COAA_Ecoli(Запись 1ESM из банка PDB),
(Домены помечен зеленым цветом, серым цветом выделен остов белка, остальными цветами окрашены лиганды. Тип модели: ленточный для остова и домена, остовный/шариковый для лигандов)
- Домены в последовательности COAA_Ecoli
|
Идентификатор Pfam
|
Название записи
|
Полное название домена
|
Положение в последовательности COAA_Ecoli
|
|
PF00485
|
PRK
|
Фосфорибулозокиназа
|
90-274
|
Описание N-концевого домена PF00485 белка COAA_Ecoli
- Фосфорибулозокиназа (PRK) катализирует АТФ-зависимое фосфорилирование рибулозы-5-фосфата в рибулозу-1,5-фосфат. Эта реакция - ключевой этап в пентозофосфатном пути метаболизма с ассимиляцией CO2 автотрофными организмами. В общем, растительные ферменты фотоактивируются тиоредоксин/ферродоксин комплексами,в то время как фотосинтезирующии бактерии зависят от никотинамидадениндинуклеотидфосфата. Тиоредоксин/ферродоксин регуляция ингибируется обратным окислением/восстановлением сульфгидрильных и дисульфидных групп.
- Организмы, в которых найдены белки с доменами PF00485
|
Таксон
|
Количество белков с доменом PF00485
|
| Эукариоты |
Растения |
465 |
| Грибы |
22 |
| Животные |
53 |
| Бактерии |
|
626 |
| Археи |
|
5 |
- Статистическая информация:
- Всего известно 1228 белков с доменом PF00485
- Чаще всего домен PF00485 встречается один, в остальных случаях известно не более 10 примеров
- Случаев дупликации домена PF00485 не известно.
- Случаев перестановки 2-х доменов местами, если один из них PF00485 не известно.
Упражнение 2. Мотивы в аминокислотной последовательности COAA_Ecoli по данным БД InterPro
- Изображение мотивов в белке СOAA_ECOLI
- Мотивы в белке СOAA_Ecoli по данным БД InterPro
|
Название подписи
|
Положение в последовательности COAA_Ecoli
|
Полное название базы данных
|
* Название
организации, поддерживающей данную БД.
|
* Город
и страна
|
|
Pantothenate_kin
|
1-316
|
TIGRFAMs
PIRSF
|
The Institute for Genomic Research
Georgetown University Medical Center
MRC Laboratory of Molecular Biology
European Bioinformatics Institute
|
Роквиль, США. Джорджтаун, США. Вашингтон,США
Великобритания, Кэмбридж
Хинкстон
|
| PanK_bact |
96-307 |
PANTHER
|
National Institute of General Medical Sciences
|
США
|
| panK_bact |
10-316 |
TIGRFAMs
|
The Institute for Genomic Research
|
Роквиль, США.
|
| PRK |
90-274 |
Pfam
|
Wellcome Trust Sanger Institute
Institut National de la Recherche Agronomique
Korean Institute of Science and Technology Information
Washington University
|
Кембридж, Англия
Франция, Париж.
Южная Корея, Сеул.
США, Сент-Луис
|
| G3DSA:3.40.50.300 |
9-316 |
Gene3D
|
University College London
|
Лондон, Великобритания
|
| PTHR10285 |
96-307 |
PANTHER
|
National Institute of General Medical Sciences
|
США
|
| SSF52540 |
6-316 |
SuperFamily
|
University of Bristol
University of Texas at Austin
Stanford University
|
Бристоль,Англия
Стендфорд,США
|
|
|