|
|
В целом все три вида схожи, что не удивительно, для них характерен тот же порядок изложения информации что и в самой записи (например P0A6I3 ).
Отображение MRS я бы назвал самым "простым".
Более подробную информацию отображает Expasy , в частности это касается отображения информации о вторичной структуре белка, так хотя области и размечены идентично MRS (колонки по 10 символов, по 6 колонок в строке, формат "Swiss-Prot") но присутствуют так же числовые указатели на номера остатков (10,20 и т.д.), также есть функция выделения остатков вторичных структур в последовательности после нажатия на соответствующую структуру.
Самый "продвинутый" "дружественный вид" разработан на ресурсе SRS . Во-первых под каждой статьей стоят индикаторы сигнализирующие о доступности указанной статьи в различных форматах в библиотеке портала, во-вторых очень удобно отображается информация о расположении элементов вторичной структуры на протяжении белковой цепочки (имеется цветовая индикация, масштабная линейка). Также всю аминокислотную последовательность можно представить в нескольких форматах: FASTA , GCG , PIR , Swiss - Prot , Pretty.
|
Названия каких таксонов начинаются на "gam"?
Результат поиска по банку Swiss-Prot - 6 таксонов, которые можно просмотреть здесь при том, что в общем, по данным банка NCBI выделяют всего 33 таксона названия которых начинаются на "gam",список этих таксонов можно просмотреть здесь. |
|
Каков английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии"?
Не совсем понятен вопрос, но по всей видимости Class Gammaproteobacteria |
Сколько в банке SwissProt записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий?
Вообще несколько некорректно задан вопрос, так как в банке Swiss-Prot все записи о белках разделены на 5 категорий по принципу установления их наличия в клетке (доказано что существует, предсказано на уровне транскрипции и т.д.) и поэтому неясно какие все таки белки необходимо учитывать.
| Категория |
Количество записей |
| Evidence at protein level |
4222 |
| Evidence at transcript level |
777 |
| Inferred from homlogy |
61726 |
| Predicted |
2727 |
| Uncertain |
207 |
| Итого (п.1-п.2) | 4999
|
| Итого (п.1-п.3) | 66725 |
| Итого (п.1-п.5) | 69659 |
|
Запросы
| Номер запроса | Формулировка функции белка | Строка запроса | Количество найденных документов |
| 1 | Kinase (Киназы) | [swissprot-taxonomy:Gammaproteobacteria] & [swissprot-description:kinase*] (use wildcards) | 2385 |
| 2 | Kinase (Киназы) | [swissprot-taxonomy:Gammaproteobacteria] & [swissprot-description:kinase] | 2307 |
| 3 | EC 2.7.1.33 | [swissprot-taxonomy:Gammaproteobacteria] &[swissprot-description:2.7.1.33] | 91 |
| 4 | PanK RTS | [swissprot-taxonomy:Gammaproteobacteria] & [swissprot-description:PanK*] (use wildcards) | 48 |
|
| Посдедовательности результатов выполнения запроса в формате *.fasta располагаютя здесь |
Дополнительное задание 1.
Для поиска использовалась команда [MEDLINE-ecn:2.7.1.33] & [medline-yr#2005:] - результат 26 статей. (При варианте [MEDLINE-all:2.7.1.33] & [medline-yr#2005:] также 26 статей) Я решил выбрать номер по классификации ЕС, так как считаю что это наиболее удобный вариант обозначения белка при написании статьи. |
Дополнительное задание 2.
Для поиска использовалась команда ([MEDLINE-aut:Nei*h,A.A.] |[MEDLINE-aut:Ney*h,A.A.] |[MEDLINE-aut:Ne?*h,A.A]) & [medline-yr#1971:!1980] результат - 18 статей. В процессе выполнения задания путем проб и ошибок было выяснено что фамилия Нейфах транскрибировалась на анг. яз как минимум тремя способами: Ne?fakh, Neyfakh, Neifakh, однако если воспользоваться автоматизированным поиском через CiteXplore, то там этот факт уже учитывается. Что касается круга интересов доктора биологических наук А.А. Нейфаха это: ядерно-цитоплазматические отношения в раннем развитии, генетический контроль синтеза белков в эмбриогенезе, радиационная инактивация ядер в развитии, генетика скорости эмбриогенеза. |
|