|
|
Сравнение оптимального попарного выравнивания последовательностей COAA_PSYIN и COAA_STRP2 с их попарным выравниванием, порожденным множественным выравниванием
На схеме выравнивание полученное программой emma выделено оранжевым, программой muscle желтым, оптимальное выравние полученное при помощи программы needle выделено коричневым.
Как уже говорилось ранее, выравнивания программ emma и muscle идентичны с точностью до расположения гэпов. А выравнивание созданное needle в значительной степени отличается от них:
До 91 остатка наблюдается смещение вправо за счет вставки гэпов оптимального выравнивания на 3 остатка,после 91 остатка выравнивания идентичны. Также в оптимальном выравнии присутствует консервативный блок HFE (21-23), который не наблюдается во множественных выравниваниях.
|
|