Главная
Учебные материалы

Занятие 2

Отобранные бактерии

НазваниеМнемоникаТаксономия
Bacillus anthracisBACANroot; cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus cereus group
Bacillus subtilisBACSUroot; cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus subtilis group
Clostridium tetaniCLOTEroot; cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
Geobacillus kaustophilusGEOKAroot; cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Geobacillus
Lactobacillus delbrueckiiLACDAroot; cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus
Listeria monocytogenesLISMOroot; cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Listeriaceae; Listeria
Staphylococcus epidermidisSTAESroot; cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus

Ветви, отделяющие таксоны (выделены красным)

Дерево, восстановленное fprotparsпо множественному выравниванию белка RS2

((((((BACAN,BACSU),GEOKA),LISMO),STAES),LACDA),CLOTE);((STAES,(LISMO,(BACSU,(GEOKA,(BACAN,CLOTE))))),LACDA);

В целом деревья похожи. Существенные отличия: CLOTE попала на один уровень с BACAN, что несколько удивительно, так как CLOTE принадлежит к другому таксону; изменен порядок GEOKA и BACAN. Из-за этих отличий выделить общие ветви невозможно.

Консервативные позиции

Для каждого таксона были отобраны консервативные позиции (выделены красным):

Матрица эволюциооных расстояний, полученная fprotdist

    7
LACDA       0.000000  0.493253  0.536234  0.481038  0.455564  0.411175  0.464370
CLOTE       0.493253  0.000000  0.390675  0.360443  0.326047  0.332562  0.376281
STAES       0.536234  0.390675  0.000000  0.335770  0.227463  0.243211  0.277551
LISMO       0.481038  0.360443  0.335770  0.000000  0.208898  0.177559  0.236619
GEOKA       0.455564  0.326047  0.227463  0.208898  0.000000  0.158519  0.122655
BACAN       0.411175  0.332562  0.243211  0.177559  0.158519  0.000000  0.113692
BACSU       0.464370  0.376281  0.277551  0.236619  0.122655  0.113692  0.000000
Отклонения от ультраметричности:
  • d(GEOKA,BACAN)=d(GEOKA,BACSU)
    0.158519 - 0.122655 = 0.035864
  • d(CLOTE,BACAN)=d(CLOTE,BACSU)
    0.332562 - 0.376281 = -0.043719
Отклонения от аддитивности:
  • d(CLOTE,STAES) + d(LISMO,BACAN) = 0.568234
    d(CLOTE,LISMO) + d(STAES,BACAN) = 0.603654
    Δ = -0.03542
  • d(LACDA,LISMO) + d(GEOKA,BACSU) = 0.637993
    d(LACDA,GEOKA) + d(LISMO,BACSU) = 0.692183
    Δ = -0.054187

Реконструкция эволюциооных расстояний, полученная fprotdist

Neighbor-Joining

UPGMA
©Залевский, Артур, 2012