Занятие 5

Задание 1

Описание функции белка COAA_ECOLI в соответствии с GO-аннотацией

	Онтология GO (название словаря)	Количество разных ассоциированных терминов GO	Функция белка (краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO
Где?	C Cellular Component, часть клетки	1	cytoplasm Все содержимое клетки, за исключением мембраны и ядра, но включая все внутриклеточные структуры.
Зачем, для чего?	P Biological Process, участником какого процесса является	3	metabolic process: Химические пути и реакции, включащие анаболизм и катаболизм, при помощи которых живой организм производит трансформацию химических веществ. coenzyme A biosynthetic process: Химические реации и пути, приводящие к синтезу кофермента A, переносчика ацильной группы во многих реакциях ацилирования. phosphorylation: Процесс введения фосфатной группы в молекулу как правило, с образованием сложного эфира фосфорной кислоты.
Молекулярный механизм?	F Molecular Function, как участвует в процессе	3	pantothenic acid kinase activity: Катализ реакции: АТФ + пантотенат = АДФ + D-4'-фосфопантотенат. kinase activity: Катализ переноса фосфатной группы, обычно из АТФ на молекулу субстрата. transferase activity: Катализ переноса химической группы
Специфичность?	F Molecular Function	2	nucleotide binding: Селективное нековалентное взаимодействие с нуклеотидом или любым другим соединением, состоящим из нуклеозида связанного эфирной связью с (орто)фосфатом, олигофосфатом, рибозой или дезоксирибозой. ATP binding: Селективное нековалентное взаимодействие с АТФ, важным коферментом и регулятором активности ферментов.

Задание 2

Описание терминов GO
GO ID выбранного термина	Список синонимов	Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи	Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
0015937	Exact synonyms: CoA biosynthesis coenzyme A anabolism coenzyme A biosynthesis coenzyme A formation coenzyme A synthesis GO:0006764	is_a coenzyme biosynthetic process (GO:0009108) is_a coenzyme A metabolic process (GO:0015936)	is_a malonyl-CoA biosynthetic process (GO:2001295) regulates regulation of coenzyme A biosynthetic process (GO:0080020)
0004594	Exact synonyms: ATP:(R)-pantothenate 4'-phosphotransferase activity ATP:pantothenate 4'-phosphotransferase activity D-pantothenate kinase activity pantothenate kinase (phosphorylating) activity pantothenic acid kinase activity	is_a kinase activity (GO:0016301) is_a phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor (GO:0016773)	None
0005524	Exact synonym: None	is_a adenyl ribonucleotide binding (GO:0032559) is_a purine ribonucleoside triphosphate binding (GO:0035639)	None

0015937 coenzyme A biosynthetic process ancestral graph

0004594 pantothenate kinase activity ancestral graph

0005524 ATP binding ancestral graph

Задание 3

Выбранная бактерия: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831
В протеоме 6388 белок.
В базе данных ENA количество белок-кодирующих последовательностей 6431
Число записей в SRS о белках выбранной бактерии, с приписанными GO-терминами: 3903(61%).

Гистограмма частоты терминов словарей

Чаще всего встречаются термины словаря Function
Наиболее часто встречающиеся термины:
-из словаря Function: GO:0005524 - ATP binding (455 раз), GO:0003677 - DNA binding (344 раза),
-из словаря Process: GO:GO:0006355 - regulation of transcription, DNA-dependent (252 раза) GO:0006351 - transcription, DNA-dependent (215 раз)
-из словаря Cell component: GO:0016021 - integral to membrane (510 раз), GO:0005622 - intracellular (312 раз)
Наиболее частоупотребительным термином стал GO:0005524 - ATP binding, что, собственно говоря, неудивительно, так как ФТФ является основным источником энергии для внутриклеточных процессов, отсюда следует большая распространненость возможности связываться с ним среди различных белков.
Транскрипция один из самых востребованных процессов внутри клетки, задействующий огромное количество разнообразных белков
Клетке постоянно приходится взаимодействовать с внешней средой, поэтому большое количество различных трансмембранных белков также ожидаемо.

Задание 4

3. Трансляционные белки рыбы Фугу

Вид Рыба Фугу(Бурый скалозуб).
Латинское название: Takifugu rubripes
Английское название: Takifugu rubripes
NCBI Tax ID: 31033

Функция - Карбоксилирование
Наиболее подходящий термин:
GO:0018214 - The addition of a carboxy group to a protein amino acid Словарь: biological process
Форма запроса к SRS: ([swissprot-NCBI_TaxId:31033*] > ([swissprot-DbName:GO*] & [swissprot-DBxref:GO:00182141*]))
Найдено 0 совпадений