Учебный сайт Карины Сим
  • Главная
  • Семестры
  • Обо мне
  • ФББ

    Практикум 11

    Описание семейства доменов из Pfam

    Для данного практикума я выбрала семейство, характеристики которого представлены в таблице 1.

    Таблица 1. Характеристики выбранного семейства доменов из Pfam.

    Характеристика Информация
    AC Pfam PF16876
    ID Pfam Lipin/Ned1/Smp2 multi-domain protein middle domain
    #Seed 41
    #All 7k
    #SW 9
    #Architectures 65
    #3D 3
    #Eukaryota 7013
    #Archaea 0
    #Bacteria 1

    Данный домен является средним доменом липинов – ферментов, которые катализируют реакцию превращения фосфатидной кислоты в диацилглицерол в процессе биосинтеза триглицеридов, фосфатидилхолина и фосфатидилэтаноламина.

    Данный домен распространен в основном среди эукариот. Среди бактерий обнаружен только один белок из этого домена.

    Выравнивание seed с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножества

    Выравнивание seed было открыто с помощью Jalview.

    Выравнивание в Jalview

    Характеристики выравнивания seed представлены в таблице 2.

    Таблица 2. Характеристики выравнивания seed.

    Характеристика Информация
    Выравнивание seed 145 колонок
    Максимальный достоверный блок, включающий все последовательности (МДБ-all) 68-84
    100% консервативные колонки в МДБ-all 74:[A](37 из 41)
    Максимальный достоверный блок, включающий НЕ все последовательности (МДБ-notAll) Колонки: 67-89, последовательности: 1-22
    100% консервативные колонки в МДБ-notAll 74:A; 76:P; 89:P
    Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. 90-100 (см. пояснения ниже)

    В максимальном достоверном блоке не нашлось ни одной колонки с абсолютной консервативностью. Однако есть колонка 74, где в 37 из 41 последовательности в данной позиции находится аланин. Для того, чтобы обнаружить эту колонку я снизила порог на Identity threshold до 90%.

    При поиске участков выравнивания, в которых нет достоверных подблоков, я не нашла участков, на которых нет сходства даже для двух последовательностей.

    Однако, например, есть участок 90-100. На данном участке я выбрала неконсервативные колонки, сделала по ним группы. Есть две группы, которые состоят из двух последовательностей, но все остальные последовательности единственные в своей группе.

    Следовательно, маловероятно, что на этом участке выравнивание отражает ход эволюции.

    В целом на всей длине выравнивания прослеживаются консервативные участки, которые отражают гомологию данных последовательностей. Участки неконсервативных колонок, идущих подряд, присутствуют, но, как правило, они достаточно короткие (2-3 колонки).

    Карта локального сходства (dotplot) двух последовательностей с одним и тем же доменом, но с разной доменной архитектурой

    Для построения карты локального сходства (dotplot) я выбрала две последовательности с одним и тем же доменом, но с разными доменными архитектурами (таблица 3).

    Таблица 3. Информация о выбранных доменных архитектурах и их белках.

    Доменная архитектура Информация о доменной архитектуре Идентификатор белка с данной архитектурой
    1 PF04571 - PF16876 - PF08235 Q92539
    2 PF16876 - PF08235 Q962L8
    Рисунок 1
    Рисунок 1. Карта локального сходства (dotplot) выбранных последовательностей.

    При помощи BLASTp на сайте NCBI была построена карта локального сходства (рис. 1). По вертикальной оси отложена последовательность белка Q92539, по горизонтальной – Q962L8.

    На карте можно заметить два участка локального сходства (то есть на данных участках мы наблюдаем сходство двух белковых последовательностей). Стоит заметить, что одна из линий прерывиста. Разрывы соответствуют инделям в выравнивании данных двух последовательностей.