Практикум 5
Каталитическая функция
В данном практикуме рассматривается каталитическая актиность белковой молекулы (pdb_id: 6M8A).
Этот белок – инозитол-фосфат-мультикиназа человека. EC: 2.7.1.151.
Данный белок катализирует следующую реакцию:
1D-myo-inositol 1,4,5-trisphosphate + 2 ATP <=> 1D-myo-inositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate + 2 ADP + 2 H(+)
В состав каталитического центра входит 18 аминокислотных остатков (рис. 1). Между этими аминокислотными остатками есть взаимодействия (рис. 2).
Рисунок 1. Остатки, входящие в состав каталитического центра (обозначены красным).
Рисунок 2. Взаимодействия аминокислотных остатков каталитического центра.
Аминокислотные остатки каталитического центра взаимодействуют с окружением (рис. 3).
Рисунок 3. Окружение каталитического центра (расстояние до 5 ангстрем).
Со структурой белка связана молекула низкомолекулярного ингибитора, который блокирует каталитическую активность белка (рис. 4). Можно преположить, что ингибитор является конкурентным, то есть связывается с каталитическим центром фермента, тем самым не давая субстрату связаться с ферментом.
Рисунок 4. Расстояние от молекулы ингибитора до каталитического центра в ангстремах.