Практикум 7
Выбор белка
В предыдущем семестре объектом моего мини-обзора была бактерия Sulfurimonas aquatica. В данном практикуме рассматривается один из белков данной бактерии.
Для выбора белка я использовала расширенный поиск на сайте UniProt. Критерием поиска была принадлежность белка к исследуемой бактерии (taxonomy_id:2672570). Всего было найдено 2626 белков, удовлетворяющих моему запросу.
Среди результатов поиска я рассматривала в первую очередь хорошо аннотированные белки: с такими легче работать в дальнейшем. Далее я немного читала про эти белки и их функции.
Мой выбор пал на пиримидин/пурин-нуклеозидфосфорилазу. Мне показалось необычным, что по сравнению с другими хорошо аннотированными белками, он имеет относительно небольшую длину (103 аминокислотных остатка).
Информация о белке
Пиримидин/пурин-нуклеозидфосфорилаза - это фермент, относящийся к классу трансфераз. Он катализирует реакцию фосфоролиза различных нуклеозидов с образованием D-рибозо-1-фосфата и свободного основания. Его длина - 103 аминокислотных остатка.
Поисковые запросы
Запрос 1
Для начала мне было интересно узнать, какие еще гликозилтрансферазы есть у Sulfurimonas aquatica.
Для этого я составила поисковый запрос с помощью расширенного поиска:
(taxonomy_id:2672570) AND (ec:2.4.-.-)
Такому запросу удовлетворяет 21 белок. Далее мне стало интересно, есть ли среди них те, которые короче, чем выбранный белок. Для того, чтобы узнать это, можно добавить к расширенному поиску еще одно условие:
(taxonomy_id:2672570) AND (ec:2.4.-.-) AND (length:[0 TO 102])
В результате такого поиска не было найдено ни одного белка. Если не рассматривать выбранный фермент, то самая короткая гликозилтрансфераза Sulfurimonas aquatica имеет длину 182 аминокислотных остатка. Это позволяет сделать вывод, что выбранный белок является коротким даже относительно ферментов, относящихся к тому же подклассу.
Запрос 2
Далее мне стало интересно посмотреть на распространенность данного белка за пределами рода Sulfurimonas.
Для этого я составила следующий запрос:
(protein_name:"Pyrimidine/purine nucleoside phosphorylase") NOT (taxonomy_id:202746)
Данному запросу удовлетворяет 7416 результатов. Это позволяет сделать вывод, что данный белок является достаточно распространенным.
Запрос 3
Вывод о существовании выбранного белка у Sulfurimonas aquatica сделан на основе гомологии. Я решила попробовать найти данный белок в роде Sulfurimonas, доказательство существования которого основано на экспериментальных данных на белковом уровне. Для этого я составила следующий запрос:
(protein_name:"Pyrimidine/purine nucleoside phosphorylase") AND (taxonomy_id:202746) AND (existence:1)
В результате не нашлось ни одного белка, удовлетворяющего запросу. Если менять значение в поле (existence:), то можно заметить, что в роде Sulfurimonas существование этого белка в каждом случае было доказано с помощью гомологии.
Немного изменим запрос и уберем критерий принадлежности к роду Sulfurimonas:
(protein_name:"Pyrimidine/purine nucleoside phosphorylase") AND (existence:1)
В результате нашлось 6 белков.