Практикум 10
В данном практикуме я сравнила карты локального сходства, построенные при помощи megablast и blastn для пары нуклеотидных последовательностей.
Подбор нуклеотидных последовательностей
Нуклеотидные последовательности я искала посредством расширенного поиска на сайте NCBI в банке Nucleotides.
Для поиска я составила следующий запрос:
(chromosome[Title]) AND yersinia[Organism]
Также я оставила только те находки, которые есть в Refseq.
Далее я выбрала пару нуклеотидных последовательностей: одна из них принадлежит Yersinia sp. HM-2024 strain NZRM4767 (NZ_CP170755), другая – Yersinia ruckeri strain Barren Creek (NZ_CP133440).
Карты локального сходства
Я построила карты локального сходства для выбранных последовательностей посредством BLAST на сайте NCBI. Одна из карт была построена при помощи megablast (рисунок 1), другая – при помощи blastn (рисунок 2).
Параметры были выставлены по умолчанию.
Рисунок 1. Карта локального сходства выбранных нуклеотидных последовательностей, построенная посредством megablast.
Рисунок 2. Карта локального сходства выбранных нуклеотидных последовательностей, построенная посредством blastn.
Карта локального сходства, построенная посредством blastn, дает нам более полное представление о сходстве данных нуклеотидных последовательностей, так как megablast предназначен для быстрого поиска практически идентичных нуклеотидных последовательностей, а blastn, в свою очередь, для поиска гомологов.
На представленных картах мы можем заметить некоторые глобальные перестройки между последовательностями (рисунок 3).
Рисунок 3. Карта локального сходства выбранных нуклеотидных последовательностей, построенная посредством megablast. Цветами выделены участки, на которых мы можем наблюдать глобальные перестройки между последовательностями.
Красным выделен участок, на котором, вероятно, три раза произошли инверсии: сначала произошла одна большая инверсия, далее участок внутри инвертированного фрагмента инвертировался, аналогичное произошло и в третий раз.
Жёлтым выделен участок, по которому мы можем судить, что в этом месте, вероятно, произошла делеция в последовательности NZ_CP170755 или вставка в последовательности NZ_CP133440.
Синим выделены участки, где, по-видимому, произошло обратное: делеция в последовательности NZ_CP133440 или вставка в последовательности NZ_CP170755.
Зелёным отмечены неконсервативные участки.
Также стоит отметить, что авторы данных записей выбрали разные точки начала отсчёта.