Учебный сайт Карины Сим
  • Главная
  • Семестры
  • Обо мне
  • ФББ

    Практикум 1

    Филогенетические деревья

    В данном практикуме было построено филогенетическое дерево для 11 животных, которые относятся к самому многочисленному отряду млекопитающих – грызунам (Rodentia).

    Для всех выбранных представителей в банке Swiss-Prot имеются последовательности полноразмерных цитохромов В.

    Для каждого грызуна была определена полная таксономия при помощи таксономического сервиса NCBI. Полученная информация представлена в таблице 1.

    Таблица 1. Таксономия выбранных организмов.

    Вид Таксономия Мнемоника
    Dryomys nitedula Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Sciuromorpha; Gliridae; Leithiinae; Dryomys DRYNI
    Sciurus aberti Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Sciuromorpha; Sciuridae; Sciurinae; Sciurini; Sciurus SCIAB
    Hylopetes spadiceus Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Sciuromorpha; Sciuridae; Sciurinae; Pteromyini; Hylopetes HYLSA
    Hystrix africaeaustralis Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Hystricomorpha; Hystricidae; Hystrix HYSAF
    Myoprocta pratti Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Hystricomorpha; Dasyproctidae; Myoprocta MYOPA
    Dasyprocta fuliginosa Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Hystricomorpha; Dasyproctidae; Dasyprocta DASFU
    Mus musculus Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Myomorpha; Muroidea; Muridae; Murinae; Mus; Mus MOUSE
    Rattus norvegicus Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Myomorpha; Muroidea; Muridae; Murinae; Rattus RAT
    Phodopus campbelli Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Myomorpha; Muroidea; Cricetidae; Cricetinae; Phodopus PHOCM
    Lemmus trimucronatus Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Myomorpha; Muroidea; Cricetidae; Arvicolinae; Lemmus LEMTI
    Myodes gapperi Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Myomorpha; Muroidea; Cricetidae; Arvicolinae; Clethrionomys MYOGP

    Скобочная формула дерева

    ((RAT,MOUSE), (PHOCM, (MYOGP,LEMTI))), ((DASFU,MYOPA),HYSAF), (DRYNI, (HYLSA,SCIAB)));

    Филогенетическое дерево

    Для перечисленных выше организмов было построено филогенетическое дерево (рисунок 1).

    Рисунок 1
    Рисунок 1. Филогенетическое дерево для выбранных организмов.