COG and GO

Получение информации о КОГе, к которому относится ваш белок

Для работы был взят белок MALE_SALTY (P19576) из первого семестра. Было выяснено, что он принадлежит к когу COG2182 "Maltose-binding periplasmic protein MalE" (связывающий мальтозу периплазматический белок) со значением e-value 1.10e-161. КОГ обнаруживается с 1 по 396 остаток. Найденный КОГ относится к категории "Carbohydrate transport and metabolism", т.е. "Метаболизм и транспорт углеводов".

Визуализация геномного окружения

Согласно результатам работы COGNAT для COG2182 (часть которых представлена на Рис. 1), у него наблюдается консервативное геномное окружение, представленное СOG1175. Можно заметить, что два кога связаны функционально: СOG1175 является ABC-транспортером сахаров, компонентом пермеазы, то есть также вовлечен в метаболизм сахаров, в частности мальтозы.
Вариабельность консервативного геномного окружения заключается в том, что в некоторых случаях коги могут "сшиваться", как показано на Рис.2.

Рисунок 1. Геномное окружение кога COG2182, полученное с помощью программы COGNAT. Программа была запущена со следующими параметрами: Neighbourhood Size = 9; Occurrence Threshold (%) = 20%; Taxonomy: Yes. Стрелками обозначены коги, в частности рассматриваемый COG2182 покрашен салатовым цветом, а составляющий его консервативное окружение СOG1175 покрашен фиолетовым цветом.

Был проведен поиск BLAST с помощью инструмента AmiGO, лучшей находкой оказался также белок malE (P0AEX9; MALE_ECOLI), но принадлежащий E.coli (p-value = 1.2e-202). Следующим шагом был переход на страницу данного белка, основная полученная информация представлена в Таблице 1. В Таблице 2 дана расшифровка кодов достоверности. Как можно видеть из таблицы 1, большая часть находок тем или иным способом связана с транспортом углеводов, в частности мальтозы.

Аспект	Идентификатор GO	Название термина	Перевод названия термина	Код типа достоверности
biological process	GO:0008643	carbohydrate transport	транспорт углеводов	IGI
biological process	GO:0060326	cell chemotaxis	клеточный хемотаксис	IMP
biological process	GO:0006974	cellular response to DNA damage stimulus	клеточный ответ на повреждение ДНК	IEP
biological process	GO:0034289	detection of maltose stimulus	распознавание наличия мальтозы	IMP
biological process	GO:0042956	maltodextrin transport	транспорт мальтодекстрина	IMP
biological process	GO:0015768	maltose transport	транспорт мальтозы	IGI
biological process	GO:0006810	transport	транспорт	IGI
cellular component	GO:0043190	ATP-binding cassette (ABC) transporter complex	ABC транспортер	IGI
cellular component	GO:0055052	ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing	ABC транспортер, содержащий субстат-связывающую субъедининицу	IGI
cellular component	GO:1990060	maltose transport complex	траспортный комплекс мальтозы	IDA
cellular component	GO:0030288	outer membrane-bounded periplasmic space	внешнее ограниченное мембраной пространство	IDA
cellular component	GO:0042597	periplasmic space	периплазматическое пространство	IDA
molecular function	GO:1901982	maltose binding	связывание мальтозы	IDA
molecular function	GO:0005515	protein binding	связывание белков	IPI
molecular function	GO:0005215	transporter activity	транспортная активность	IGI

Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot P0AEX9 (MALE_ECOLI).

Код типа достоверности	Расшифровка кода типа достоверности	Объяснение
IGI	Inferred from Genetic Interaction	Информация получена из взаимодействия генов.
IMP	Inferred from Mutant Phenotype	Информация получена из мутантного фенотипа
IEP	Inferred from Expression Pattern	Информация получена из данных об экспресии
IDA	Inferred from Direct Assay	Информация получена из настоящего эксперимента

Таблица 2. Информация о типах достоверности.