RSA, pr1

Last updated: 07-10-2019.

Для выполнения этого практикума была выбрана интеграза ВИЧ (PDB ID 3LPU). Разрешение структуры – 1.95Å.

Задание 1: ЭП вокруг остова полипептидной цепи

У выбранной структуры не очень большое разрешение, однако бОльшая часть остова хорошо вписывается в ЭП (Рис. 1А). Возникают проблемы с аминокислотными остатками 141-145: уже при σ = 1.5, ЭП (рис. 1Б) для них практически не видна. А остатки 146-148 не разрешились вообще. Это не проблема конкретной структуры, а проблема интегразы в целом: она очень плохо кристаллизуется, и её структура до сих пор не разрешена полностью.

Рисунок 1. Электронная плотность структуры 3LPU. А: σ = 1; Б: σ = 1.5. Зелёным отмечены остатки 141-145. Красным отображена область, где скорее всего должны находиться неразрешенные остатки 146-148.

Задание 2: ЭП вокруг различных аминокислотных остатков.

Для выполнения этого задания были выбраны 3 аминокислоты: глутамат, фенилаланин и серин (Рис. 2). ЭП строилась при σ = 1.7 (так получалось симпатичнее всего :) )

Рисунок 2. Электронная плотность GLU-69, PHE121, SER-119. σ = 1.7.