DSSP, pr8
Last updated: 12-01-2019.
Сравнение ручной аннотации вторичной структуры и выдачи DSSP
Итак, изменения произошли, но не критичные: четыре альфа спирали и один бета тяж укоротились на одну аминокислоту с каждого края (рис.1, красные кружки). Одна альфа спираль разбилась на две, а между ними образовался loop. DSSP не смог переварить короткие бета тяжи, которые превратились в loop'ы (синие эллипсы). Один бета тяж немного изменил своё положение относительно ручной аннотации. В таблице 1 приведён полный список изменений
| Было (элемент, координаты) | Стало (элемент, координаты) |
|---|---|
| Альфа спираль 153-169 | Альфа спираль 154-168 |
| Альфа спираль 171-186 | Альфа спираль 172-187 |
| Альфа спираль 195-209 | Альфа спираль 196-208 |
| Альфа спираль 117-134 | Альфа спираль 118-122 124-133 |
| Бета тяж 112-114 | Loop 112-114 |
| Бета тяж 136-137 | Loop 136-137 |
| Бета тяж 59-64 | Loop 59-64 |
| Бета тяж 84-89 | Бета тяж 82-88 |
| Бета тяж 71-78 | Бета тяж 72-77 |
Таблица 1. Сравнение ручной аннотации вторичной структуры и DSSP.
