Пространственное совмещение структур, pr9
Last updated: 29-12-2019.
Структурные гомологи интегразы ВИЧ-1 (PDB ID: 3LPU)
Для выполнения практикума были взяты гомологи интегразы ВИЧ-1 3lpu из других ретровирусов: интеграза 5cz2 принадлежит вирусу рака молочной железы мышей (MMTV); 4mq3 – интеграза вируса иммунодефицита кошачьих (FIV); 5M0R – интеграза лентивируса Меди-Висна (MVV), поражающего овец; 1vsi – интеграза вируса птичьей саркомы (ASV). В выравнивание попали 110/144 остатков исходной структуры 3lpu, т.е. ~76%. Общий RMSD – 1.583. На рисунке 1 представлено наложение структур под разными углами, а также приведена информация об их выравнивании.
Различия в пространственном выравнивании и выравнивании последовательностей
Сравнив два выравнивания, я заметил интересный кусок, в котором пространственное выравнивание отличалось от выравнивания последовательностей: PDBeFold выровнял между собой все альфа-спирали 171-186 (по нумерации структуры 3lpu), а в выравнивании по последовательностям (Muscle) образовался "блок" из аминокислот 178-186 (рис. 2).
