Выравнивания последовательностей белков

Таблица 1. Глобальное выравнивание гомологичных белков

Protein NameID 1ID 2Score% Identity% SimilarityGapsIndels
ATP synthase subunit deltaATPD_ECOLIATPD_BACSU161.023.6%48.9%64
Ribonuclease 3RNC_ECOLIRNC_BACSU351.532.1%52.4%297
Peptidoglycan glycosyltransferase MrdBRODA_ECOLIRODA_BACSU376.026.7%45.3%8516

Таблица 2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein NameID 1ID 2Score% Identity% SimilarityGapsIndelscoverage1coverage2
ATP synthase subunit deltaATPD_ECOLIATPD_BACSU168.02451,52292.65%91.71%
Ribonuclease 3RNC_ECOLIRNC_BACSU361,536,359,211494.69%87.95%
Peptidoglycan glycosyltransferase MrdBRODA_ECOLIRODA_BACSU388,52949,2521494.32%95.93%

Таблица 3.1 Глобальное выравнивание неродственных белков

ID 1ID 2Score% Identity% SimilarityGapsIndels
TRPA_ECOLIAPPD_BACSU30.010.016.628411

Таблица 3.2 Локальное выравнивание неродственных белков

ID 1ID 2Score% Identity% SimilarityGapsIndelscoverage1coverage2
TRPA_ECOLIAPPD_BACSU46.525.742.112.1649.25%39.33

Выравнивание в Jalview RODA_ECOLI и RODA_BACSU

Скачать проект

Множественное выравнивание белков

Скачать проект

Комментарии

Из данных таблиц 3.1 и 3.2 можно сделать вывод,что белки TRPA_ECOLI и RODA_BACSU не являются гомологичными, поскольку процент идентичности низок(10.0%)
При множественном выравнивании можно предположить гомологичность белков,поскольку наблюдаются консервативные участки максимальной длиной 7.
Все белки выровнялись удачно.Встречаются полностью идентичне участки белков

© Simon Konnov 2017