Bedtools

Обязательная часть

В данном задании был использован файл chr21_sort.bam с выравниванием чтений с референсом из 12 практикума

Input	Output	Команда	Описание
chr21_sort.bam	sort.bed	bedtools bamtobed -i chr21_sort.bam > sort.bed	Перевод в bed формат
sort.bed	out.bed	bedtools intersect -a gencode.genes.bed -b sort.bed -c \|grep -r "^chr21" \| grep -r -v "0$" > out.bed	Пересекает чтения с геномом, далее отбирает строки с chr21 и ненулевым покрытием

Информация о генах

Часть информации была взята из результатов выполнения указанных выше команд,
а часть из NCBI

Ген	Координаты	Направление	Функция	Экзоны	Чтения	Размер	Интроны
USP16	NC_000021.8 (30396938..30426809) 21q21.3	прямое	убиквитин карбоксил-терминальная гидролаза 16	20	111	29871	18
CCT8	NC_000021.8 (30428647..30446010) 21q21.3	обратное	кодирующий шаперонин, содержащий субъединицу TCP1 8	16	10748	17363	14

Дополнительные задания

Номер задания	Команда	Входной файл	Выходной файл	Описание
1.Получите из файла в выравниванием файл с чтениями в формате fastq	bedtools bamtofastq -i chr21_sort.bam -fq chr21_all.fq	chr21_sort.bam	chr21_all.fq	Переводит выравнивания в формат fastq
2.Получите файл с нуклеотидной последовательностью (.fasta) для одного из покрытых Вашими чтениями генов	bedtools getfasta -fi chr21.fasta -bed gene.bed>gene.fasta	chr21.fasta gene.bed	gene.fasta	Вырезает последовательность гена
4.Объедините Ваши чтения в кластеры (используйте bed файл с выровненными чтениями из Обязательной части задания)	bedtools cluster -i sort.bed -s -d 40 > cluster.bed	sort.bed	cluster.bed	Объединяет чтения на одной цепи на расстоянии меньше 40 bp в кластеры(20)
10.Получите файл с координатами интервалов, покрытых Вашими чтениями, с информацией о покрытии в любом формате	bedtools genomecov -ibam chr21_sort.bam -bg>out_10.bam	chr21_sort.bam	out_10.bam	Координаты интервалов с информации о покрытии

© Simon Konnov 2017