Сборка генома de novo

1.Подготовка чтений

В первую очередь был создан файл, содержащий адаптеры:

cat *.fa>adapt.fasta

Адаптеры были удалены с помощью команды:

 java -jar /nfs/srv/databases/ngs/suvorova/trimmomatic/trimmomatic-0.30.jar SE -phred33 SRR4240380.fastq trimm.fastq ILLUMINACLIP:adapt.fasta:2:7:7

	До чистки	После чистки
Размер файла	525M	515M
Число чтений	5217318	5119139

Далее были уалены чтения длины менее 30 и плохие буквы с конца чтений:

 java -jar /nfs/srv/databases/ngs/suvorova/trimmomatic/trimmomatic-0.30.jar SE -phred33 trimm.fastq trimm_cut.fastq TRAILING:20 MINLEN:30

	До чистки	После чистки
Размер файла	515 M	490 M
Число чтений	5119139	4879707

29-mers были срзданы командой:

 velveth out 29 -fastq -short trimm_cut.fastq

Контиги были собраны командой:

velvetg out/

	K-mers 29	K-mers 25
N50	18128	5601
Длина	669685	708017
Число контигов	884	3676
Самые длинные контиги	1)ID 9, lgth 57469, cov 35.820582 2)ID 3, lgth 43960, cov 36.274227 3)ID 8, lgth 33034, cov 35.383968	1)ID 11,lgth 23320, cov 51.519039 2)ID 69,lgth 19422, cov 53.803007 3)ID 41,lgth 15503, cov 47.728569

Встречаются контиги с аномальным покрытием, например контиг(ID 58) с покрытием 1233 длиной 1

Контиг	mismatches	gaps	chromosome	query coverage	identity
9	4026	545	528794-550219	86%	81%
3	1992	252	2063-11103	68%	78%
8	1697	208	467471-474667	61%	77%

Стоит отметить, что контиг 3 ложится на геном в двух разных местах. Так же можно отметить,
что все контиги ложатся на геном с разрывами

Программа с нужными параметрами была запущена командой:

spades.py -s trimm_cut.fastq -k 29 -o spa

Для анализа выдачи была использована программа quast:
Graph

Работа программы SPA_des заняла значительно больше времени, чем velveth и velvetg
SPA_des нашел меньшее число контигов