A-,B-,Z- формы ДНК

Задание 1


Скачать файл с A-формой
Скачать файл с B-формой
Скачать файл с Z-формой

Задание 2


Graph
A-формаB-формаZ-форма 
Тип спирали (правая или левая)праваяправаялевая 
Шаг спирали (A)2835.743.6 
Число оснований на виток1110.512 
Ширина большой бороздки(A)11.5 DG]6:A.P #96 - [DC]3:B.P #32116.7 [DG]16:B.P #302 - [DA]5:A.P #8018.6 [DC]10:A.P #187 - [DG]29:B.P #575 
Ширина малой бороздки(A)15.8 [DC]10:B.P #463 - [DC]9:A.P #15910 [DT]8:A.P #142 - [DC]21:B.P #4069.8 [DG]31:B.P #616 - [DC]14:A.P #269
В сторону большой бороздки обращены атомы N7 C5 C6 N1 N6
В сторону малой бороздки обращены атомы C2 N3 C4 N9

Задание 3


Пункт 1


Из сравнения средних значений торсионных углов тРНК(PDB ID:1qu2) и средних значений торсионных углов для
A-,B-,Z- форм ДНК можно сделать вывод, что значения торсионных углов тРНК сильнее всего похожи на значения
торсионных углов в A-форме ДНК.
Strand 1 alphabetagammadeltaepsilonzetachi
тРНК-33,9115,5232,7485,97135,39-52,94-99,58
А-ДНК-36,8466,5733,9683,56-131,98-72,10-164,53
Разница2,9351,051,222,41267,3719,1664,95
Среднее58,44      
B-ДНК-64,0471,1865,52125,45-2,12-79,19-115,98
Разница30,1355,6632,7839,48137,5126,2516,40
Среднее48,31      
Z-ДНК46,52-95,62-0,98121,13-118,3642,24-49,45
Разница 80,43111,1433,7235,16253,7595,1865,85
Среднее96,46      
Strand 2       
тРНК-19,5545,2846,9184,95-128,49-51,72-147,08
А-ДНК-41,4534,0232,8386,88-160,23-71,53-115,25
Разница21,911,2614,081,9331,7419,8131,83
Среднее18,94      
B-ДНК61,5675,1553,48120,0156,85-72,25-118,53
Разница42,0129,876,5735,06185,3420,5328,56
Среднее49,7      
Z-ДНК46,54-95,64-0,97121,13-118,3442,22-49,43
Разница 66,09140,9247,8836,1810,1593,9497,65
Среднее70,4     

Пункт 2


В данной структуре тРНК(1qu2) было обнаружено 4 стебля:
1)1-7 нуклеотиды(Strand 1)/66-72 нуклеотиды(Strand 2)
2)49-53 нуклеотиды(Strand 1)/61-65 нуклеотиды(Strand 2)
3)38-44 нуклеотиды(Strand 1)/26-32 нуклеотиды(Strand 2)
4)10-13 нуклеотиды(Strand 1)/23-25 нуклеотиды(Strand 2)
Неканоничные пары оснований:
[..U]U-*---G[..G]
[..G]G-*---U[..U]
[..U]U-**--A[..A]
[..U]U-**+-G[..G]
[..U]U-**+-U[..U]
[..A]A-**--C[..C]
[..A]A-**--G[..G]
[..A]A-**--U[..U]
[..G]G-**+-C[..C]
[..G]G-**--U[..U]
В структуре тРНК присутствуют дополнительные водородные связи:
16_:[..G]G-**--U[..U]
19_:[..G]G-----C[..C]

© Simon Konnov 2017