Структура тРНК и комплексы ДНК-белок

Задание 1. Предсказание вторичной структуры тРНК


Предсказание структуры по алгоритму Зукера
Graph
Предсказание структуры тРНК (PDB ID: 1qu2)
Участок структурыПозиции в структуре(результаты findpair)Результаты предсказания с помощью einvertedРезультаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель 5'-1-7-3'
5'-72-66-3'
(7)
Не предсказано6 пар
D-стебель5'-10-13-3'
5'-25-22-3'
(4)
Не предсказано 4 пары
T-стебель5'-49-53-3'
5'-65-61-3'
(5)
5'-51-54-3'
5'-65-62-3'
(4)
4 пары
Антикодоновый стебель5'-38-44-3'
5'-26-32-3'
(7)
9 пар со смещением на 2 нуклеотида5 пар
Общее число канонический пар нуклеотидов201319

Задание 2. Поиск ДНК-белковых контактов


Упражнение 1


Скрипты можно скачать по ссылкам
Первый скрипт
Второй скрипт

Упражнение 2


Скрипт, с помощью которого были получены результаты, можно скачать по ссылке
Скачать скрипт
Таблица с результатами
Контакты атомов белка сПолярныеНеполярныеВсего
остатками 2'-дезоксирибозы14243
остатками фосфорной кислоты21+2-23
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки71219
остатками азотиcтых оснований со стороны малой бороздки51318

Упражнение 3


Схема ДНК-белковых контактов, полученная с помощью nucplot
Graph
Graph

Упражнение 4


Аминокислотными остатками с наибольшем числом водородных связей с ДНК оказались
SER16 B:
SER B 16 N G E 6 O1P 2.95
SER B 16 OG G E 6 O2P 2.46
В категории "Non Bonded Contacts" SER31 B:
SER B 31 N T E 4 O3* 3.19
SER B 31 CA T E 4 O3* 2.94
SER B 31 N T E 5 P 3.06
SER B 31 CA T E 5 P 3.18
SER B 31 N T E 5 O1P 2.72
SER B 31 CA T E 5 O1P 2.58
SER B 31 N T E 5 O2P 3.19
Таким образом можно предположить, что наиболее важные остатки SER16 B и SER31 B
Визуализация взаимодействий в jmol
Graph
SER31 B
Graph
SER16 B

© Simon Konnov 2017