Филогенетическое дерево

Задание 1

Отобранные бактерии

Название	Мнемоника	Таксономия
Acidiphilium cryptum	ACICJ	Alphaproteobacteria; Rhodospirillales; Acetobacteraceae; Acidiphilium
Agrobacterium fabrum	AGRFC	Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Rhizobiaceae; Rhizobium/Agrobacterium group; Agrobacterium; Agrobacterium tumefaciens complex
Escherichia coli	ECOLI	Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Escherichia
Haemophilus influenzae	HAEIN	Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Haemophilus
Paracoccus denitrificans	PARDP	Alphaproteobacteria; Rhodobacterales; Rhodobacteraceae; Paracoccus
Thiobacillus denitrificans	THIDA	Betaproteobacteria; Nitrosomonadales; Thiobacillaceae; Thiobacillus
Yersinia pestis	YERPE	Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex

Скобочная формула дерева

((((ECOLI,YERPE),HAEIN),THIDA),(ACRFC,(PARDP,ACICJ)));

Изображение дерева

Ветви дерева

Дерево содержит 4 нетривиальные ветви:
1){ECOLI,YERPE} против {HAEIN,THIDA,ACICL,PARDP,AGRFC}
2){ECOLI,YERPE,HAEIN} против {THIDA,ACICJ,PARDP,AGRFC}
3){ECOLI,YERPE,HAEIN,THIDA} против {ACICJ,PARDP,AGRFC}
4){ECOLI,YERPE,HAEIN,THIDA,AGRFC} против {PARDP,ACICJ}

Таксоны по нетривиальным ветвям

Ветвь 1:Enterobacterales
Ветвь 2:Gammaproteobacteria
Ветвь 3:Alphaproteobacteria
Ветвь 4:Rhodobacteraceae

Поиск гомологов белка CLPX_ECOLI

Последовательности протеомов бактерий были собраны в один файл, затем c помощью локального blasp
с e-value<0.001 были найдены гомологи CLPX_ECOLI.Далее были отобраны выдачи с идентичность более
30%. Данные белки были выравнены с помощью muscle. Филогенетическое дерево было построено в MEGA
методом NJ
Graph

Красными прямоугольниками выделены ветви, содержащие ортологи, а разноцветными стрелками отмечены пары паралогов
Черной стрелкой отмечен узел, в котором, возможно, произошла дупликация гена