Трансмембранные белки

Задание 1. База данных OPM.


Белок, имеющий a-спирали в трансмембранном пространстве K+ channel Eag1(PDBID:5k7l)


Graph
Толщина гидрофобной части белка в мембранеКоординаты трансмембранных спиралейСреднее количество остатков в спиралиРасположение
33.8 ± 0.6 AA - Tilt: 16 - TM segments: 1( 215- 241), 2( 248- 270), 3( 290- 313), 4( 322- 345), 5( 347- 370), 6( 450- 476)
C - Tilt: 15 - TM segments: 1( 215- 241), 2( 248- 270), 3( 290- 313), 4( 322- 345), 5( 347- 370), 6( 450- 476)
E - Tilt: 15 - TM segments: 1( 215- 241), 2( 248- 270), 3( 290- 313), 4( 322- 345), 5( 347- 370), 6( 450- 476)
G - Tilt: 16 - TM segments: 1( 215- 241), 2( 248- 270), 3( 290- 313), 4( 322- 345), 5( 347- 370), 6( 450- 476)A
22,6эукариотическая плазматическая мембрана

Белок, имеющий в beta-слои в трансмембранном пространстве Hemolytic lectin CEL-III(PDBID:3w9t)


Graph
Толщина гидрофобной части белка в мембранеКоординаты трансмембранных спиралейСреднее количество остатков в спиралиРасположение
33.8 ± 0.8 AA - Tilt: 33 - TM segments: 1( 318- 330), 2( 340- 353)
B - Tilt: 33 - TM segments: 1( 318- 330), 2( 340- 353)
C - Tilt: 33 - TM segments: 1( 318- 330), 2( 340- 353)
D - Tilt: 33 - TM segments: 1( 318- 330), 2( 340- 353)
E - Tilt: 33 - TM segments: 1( 318- 330), 2( 340- 353)
F - Tilt: 33 - TM segments: 1( 318- 330), 2( 340- 353)
G - Tilt: 33 - TM segments: 1( 318- 330), 2( 340- 353)
12,5секретируется

Задание 2.Анализ предсказания трансмембранных спиралей

ТМНММ

В сервис была загружена последовательность первого белка в FASTA формате
Результат работы сервиса
Graph
Графическое отображение:
Graph

Phobius

В сервис была загружена последовательность первого белка в FASTA формате
Результат работы сервиса
Graph
Графическое отображение:
Graph

Задание 3.База данных TCDB

Белок 5k7l был найден в базе данных TCDB с TCID 1.A.1.20.4 Значение идентификатора:
Часть идентификатораЗначение
1.Канал
1.A.Канал альфа-типа
1.A.1.Потенциал зависимые ионные каналы
1.A.1.20.Потенциал зависимый K+ канал
1.A.1.20.4Потенциал зависимый K+ канал крысы
Белок 3w9t был найден в базе данных TCDB с TCID 1.C.96.1.1 Значение идентификатора:
Часть идентификатораЗначение
1.Канал
1.CПорообразующие токсины
1.C.96.Гемолитические лектины CELL-III
1.C.96.1.CELL-III
1.C.96.1.1CEL-III Cucumaria echinata

© Simon Konnov 2070