Карта Рамачандрана

Работа с програмами Exel и Rasmol

Карта рамачандрана белка LpxA

С помощью логических функций Excel исследованы 3 области сгущения на карте:

1) phi в промежутке (-150,-30) и psi в промежутке (-70,30) (Область отвечающая данным условиям выделена красным). Наиболее длинный участок отвечающий данным условиям в точности соответствует третьей с котца альфа-спирали (среднее значение выделено звёздочкой , а phi и psi соответствующие данной спирали-синим)

2) phi в промежутке (-150,-30) и psi в промежутке(90,180). Длиннейший участок с такими углами в точности соответствует бета-тяжу №10 входящему в состав одного из 3 х параллельных слоёв(отмечено фиолетовым)

3) phi в промежутке (45,135) и psi в промежутке (-30,60).В данном белке продолжительных участков с подобными углами не обнаружено. Встречаются только отдельные аминокислоты. Интересно что большинство бета-тяжей в характерном призмообразном N концевом домене соединено аминокислотами с подобными углами. Реже эти аминокислоты встречаются в разнообразных других участках нерегулярной структуры

На главную