Создание выборки белков с одинаковыми функциями

Задача-создать выборку белков, выполняющих ту же функцию, что и УДФ-N-ацетилглюкозамин О-ацилтрансфераза Esherichia coli

Часть1. Краткое описание прототипа по данным банка аминокислотных последовательностей Swiss-prot,release: дата создания 1 марта 1989, дата последнего обновления 1 ноября 1997

Часть2. Описание процедуры составления выборки

В качестве поисковой системы использовалась система SRS

Поиск велся по следующим параметрам:

В поле DESCRIPTION вносился вариант названия белка:Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

В поле SPECIES - названия организмов, среди которых ведется поиск: Esherichia coli|Yersinia pestis|Vibrio cholerae

или же в поле TAXONOMY - группы рассматриваемых организмов (грамм-положительные бактерии; все бактерии, кроме грамм-положительных и гамма-протео-бактерий; археи; эукариоты).

Поиск велся по банку данных UniProt, найденные записи просматривались в формате SwissProt.

У вышеперечисленных организмов обнаружено 4 белка с идинтификационными номерами P10440,Q8X8X8,Q9KPW4,Q8ZH56,Q9KPW4

Из них P10440,Q8ZH56,Q9KPW4 были использованы в дальнейшем для выравнивания.

Часть3. Описание выборки

Последовательности включались в выборку в соответствии со следующими критериями:

1. строгое соответствие функции белков эталонной;

2. число последовательностей из каждой серии поиска не превышает трех.