I. Поиск белка LpxA_ECOLY (P10440) по фрагменту его аминокислотной последовательности

Поиск производился в банке данных Swiss-Prot

Поиск по участку из 30 аминокислот выдалсписок белков в которых имеется схожая последовательность. LpxA_ECOLI располагался в нем 2-м номером. В выравнивании построенном программой все 30 аминокислот совпадали. Вес выравнивания 61.6 bits (148) и E-value 4,00E-10

Поиск по участку из 10 аминокислот не дал никаких результатов.

II.Является ли BLAST инструментом для поиска ортологов?

Blastp не является инструментом для поиска ортологов,т.к. он ищет все последовательности в банке данных , у которых при выравнивании с введенной последовательностью ,e-value оказывается менее заданного.Получается, что среди них присутствуют как ортологои ,так и паралоги,впрочем,как и все остальные гомологои. Довольно часто, сюда попадают и негомологичные,а случайным образом оказавшиеся похожими белки. Но среди найденных белков пренеприменно будут и ортологи, если они , конечно же, вообще существуют. Ортологи обычно выполняют одинаковую функцию в разных организмах (именно поэтому их и можно определить).Ортологи- частое явление у близких видов, причем чем меньше значение E-value, тем более близки эти организмы, а значит тем меньше времени прошло между разветвлением данных групп на сестренские.

Alignment