База данных PFAM включает 7426 записей с краткой характеристикой разных семейств белковых доменов, включая их множественные выравнивания. Каждый домен в PFAM описан с помощью профиля-НМM.

Согласно базе данных PFAM, в белке LpxA cуществует 7 коротких структурно слабовыраженных доменов и ещё структурно выраженный участок из 4-х альфа-спиралей, описанный в Pfam-B, видимо этот участок не смотря на свою структурную обособленность не является достоверным доменом.

Изображение доменной структуры LpxA E.coli :

Краткое описание доменов

1. краткое название: hexapep
2. расположение в последовательности: 17-34, 35-52, 53-70, 83-100, 120-137, 138-155 и 162-179
3. идентификатор записи в PFAM: PF00132
4. Разнообразные бактериальные трансферазы содержат повторяющуюся структуру составленную из тандемных повторов гексапептида [LIV]-G-X(4), в белке LpxA они образуют левозакрученную параллельную спираль.

Пространственное расположение доменов




На картинке изображена простанственная структура всего белка lpxA.

Цветовые обозначения те же ,что и на изображении доменной структуры.