Геномное окружение. База данных GO

Информация о КОГе

Был выбран белок с AC: AMW33074.1

Идентификатор КОГа с наименьшим e-value: COG0366

Обнаруживается со 132 по 592 остатки при общей длине белка в 644 аминоуислотных остатка

Название КОГа на англ: Glycosidase

Название КОГа на русск: Гликозидаза

Cognat

полная выдача программы

На данном изображении слева показаны организмы, для которых рассматривается геномное окружение КОГа, справа окно с самим окружением (каждая стрелка - какой-то ген, цветом отмечены гены, всречающиеся больше определенного числа раз (устанавливается через Threshold)), в нижнем окне приведены все найденные программой консервативные КОГи. Параметры запуска программы: Search for COG - COG0366, Neighborhood Size - 9, Occurrence Threshold (%) - 20, Taxonomy - Нет.

То есть для соответствующего КОГа искались по 4 соседних белка слева и справа, подкрашивались те из них, что встречаются более чем в 20% случаев, при этом находки не сортировались по таксономии.

GO

Отнесение белка AMW33074.1 из Fervidobacterium islandicum к терминам GO

Среди находок с лучшим P-value оказался белок BA_0371 c P-value 2.4e-36. Он собственно и был выбран как представитель гликозидаз. Белок принадлежит бактерии Bacillus anthracis

Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором

Аспект	Идентификатор GO	Название термина	Перевод названия термина	Код типа достоверности
biological process	GO:0009313	oligosaccharide catabolic process	катаболизм олигосахаридов	ISS
molecular function	GO:0016798	hydrolase activity, acting on glycosyl bonds	гидролазная активность на гликозидные связи	ISS

Код типа достоверности	Расшифровка кода типа достоверности	Объяснение
ISS	Inferred from Sequence or structural Similarity	может использоваться для структурного сходства с экспериментально охарактеризованными генными продуктами, как это определено с помощью кристаллографии, ядерного магнитного резонанса и т.д.

Выводы

Несмотря на то, что исследуемые объекты являются бактериями, хотя и различающимися по Грам-принадлежности, находок оказалось слишком мало, как и функций. Может быть дело в функциональной ограниченности самого фермента, а не в межвидовой связи.

© Иззи Антон,2019