Чтение последовательности по Сэнгеру

Задание 1. Прочтенная последовательность ДНК

Ссылки на fasta-файлы:

Прямой

Обратный

Ссылка на проект в Jalview:

Проект

Проблемные нуклеотиды в последовательности:

Нуклеотид подномером 36 был определён как тимин, несмотря на то, что пик цитозина вроде как его перевешивает. Всё же в обратном чтении этот нуклеотид однозначно определён как тимин.

Здесь 96-й нуклеотид был определён как аденин. Пик хроматограммы показывал на достоверность выбора, а также этот нуклеотид точно определён в обратном чтении как аденин.

Аналогично предыдущему случаю, пик 224-го нуклеотида указывал на то, что это гуанин, как и обратное прочтение.

В данном случае нельзя было свериться с показаниями обратного прочтения, так как данный кусок был вырезан как нечитаемый. Преобладали два пика, поэтому 529-й нуклеотид был определён как тимин или гуанин (явление полиморфизма).

Характеристика хроматограммы:

Длина вырезанного участка для прямого чтения составила 89 нуклеотидов вначале и 40 в конце. Для обратного чтения длина вырезанного куска в начале составила 40 нуклеотидов, в конце - 129 нуклеотидов.

Отношение сигнала к шуму составило примерно 10 к 2.

Шум на всём протяжении как прямого, так и обратного чтений сохраняет небольшую высоту, в то время как сигнал имеет довольно большой разброс высоты пиков.

Ссылки на исходные .ab1 файлы:

Прямой

Обратный

Пример нечитаемого фрагмента хроматограммы

На данном изображении можно видеть пример нечитаемого участка хроматограммы. Сразу же в глаза бросается наличие некоторого числа огромных пиков на фоне множества мелких. Это можно объяснить неполадками при нанесении краски на хроматограмму или же неаккуратным обращением с прибором. даже без приближения изображения можно определить наличие большого количества шума, который вносит весомый вклад в образование состояния нечитаемости хроматограммы. Это вполне можно объяснить наличием в образце различных примесей в виде других небольших молекул ДНК или отдельных нуклеотидов.

© Иззи Антон,2018