Филогенетическое дерево

Отобранные бактерии

Название	Мнемоника	Таксономия
Serratia proteamaculans	SERP5	Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Serratia
Yersinia pestis	YERPE	Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex
Escherichia coli	ECOLI	Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Escherichia
Haemophilus influenzae	HAEIN	Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Haemophilus
Saccharophagus degradans	SACD2	Gammaproteobacteria; Cellvibrionales; Cellvibrionaceae; Saccharophagus
Pseudomonas aeruginosa	PSEAE	Gammaproteobacteria; Pseudomonadales; Pseudomonadaceae; Pseudomonas; Pseudomonas aeruginosa group
Neisseria meningitidis	NEIMA	Betaproteobacteria; Neisseriales; Neisseriaceae; Neisseria
Acidiphilium cryptum	ACICJ	Alphaproteobacteria; Rhodospirillales; Acetobacteraceae; Acidiphilium
Paracoccus denitrificans	PARDP	Alphaproteobacteria; Rhodobacterales; Rhodobacteraceae; Paracoccus
Roseobacter denitrificans	ROSDO	Alphaproteobacteria; Rhodobacterales; Rhodobacteraceae; Roseobacter

Скобочная формула дерева

((((((SERP5,YERPE),ECOLI),HAEIN),(SACD2,PSEAE)),NEIMA),(ACICJ,(PARDP,ROSDO)));

Изображение дерева

Нетривиальные ветви

1_ {SERP5,YERPE} vs {ECOLI,HAEIN,SACD2,PSEAE,NEIMA,ACICJ,PARDP,ROSDO}

2_ {SERP5,YERPE,ECOLI} vs {HAEIN,SACD2,PSEAE,NEIMA,ACICJ,PARDP,ROSDO}

3_ {SERP5,YERPE,ECOLI,HAEIN} vs {SACD2,PSEAE,NEIMA,ACICJ,PARDP,ROSDO}

4_ {SERP5,YERPE,ECOLI,HAEIN,SACD2,PSEAE} vs {NEIMA,ACICJ,PARDP,ROSDO}

5_ {SERP5,YERPE,ECOLI,HAEIN,SACD2,PSEAE,NEIMA} vs {ACICJ,PARDP,ROSDO}

6_ {SERP5,YERPE,ECOLI,HAEIN,SACD2,PSEAE,NEIMA,ACICJ} vs {PARDP,ROSDO}

Итого получилось шесть нетривиальных ветвей

Выделение таксонов нетривиальными ветвями:

Ветвь №1 - Yersiniaceae

Ветвь №2 - Enterobacterales

Ветвь №3 - Gammaproteobacteria

Ветвь №4 - Gammaproteobacteria

Ветвь NEIMA - Betaproteobacteria

Ветвь PARDP ROSDO - Rhodobacteraceae

Ветвь PARDP ROSDO ACICJ - Alphaproteobacteria

Поиск гомологов белка CLPX_ECOLI

Для выполнения этого задания были отобраны протеомы всех наших бактерий и помещены в один файл, после чего из них был содан банк для локального бласта. Далее было проведено выравнивание программой blastp с белком CLPX_ECOLI и тем самым были найдены гомологи. Эти гомологи (мнемоники белков) были выделены и импортированы а Jalview, атем выровнены. По этому выравниванию было построено дерево в Mega методом maximum-likelihood.

Мнемоника	Название
CLPX	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit
HSLU	ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
A5FYD7	ATP-dependent protease ATPase subunit HslU
A8GCD8	ATP-dependent Clp protease, ATP-binding
A1B8N4	ATP-dependent Clp protease, ATP-binding
A8G901	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
A0A0H2W8E5	Putative magnesium chelatase
A0A384KS70	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
RUVB	Holliday junction ATP-dependent DNA helicase
A5FVF9	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
A1AZV8	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
Q9HV48	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
A1BBJ2	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
FTSH	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH

Присутствующие ортологи: CLPX, HSLU, RUVB, FTSH. Они встречаются у разных бактерий и произошли в результате видообраования. Паралоги: A5FYD7 и A5FVF9 из ACICJ; A1BBJ2, A1AZV8, A1B8N4 из PARDP; A8G901 и A8GCD8 из SERP5; A0A0H2W8E5 и A0A384KS70 из YERPE. Белки с разными мнемониками у одного организма, произошли в реультате генной дупликации.

© Иззи Антон,2019