Карта локального сходства. Выравнивание последовательностей.

Таблица 1. Сравнение двух лучших локальных выравниваний

ID

AC

Score (B)

% Identity

% Positive

% Gaps

Site length

Mature proteins

POLG_POL2W
POLG_FMDVT

P23069
P15072

642 (251)

29

48

8

613
644

Protease 3C,RNA-directed RNA polymerase
Picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase 3D-POL

POLG_POL2W
POLG_FMDVT

P23069
P15072

407 (161)

30

44

15

410
431

Protein 2B, Protein 2C
Protein 2B,Protein 2C

Карта локального сходства двух полипротеинов

Таблица 2. Выравнивание со случайным у гомологичных и негомологичных белков

Category

ID

Score

Median

Q1

Score (B)

p

Gomolog

GGT_ECOLI
GGT_BACSU

1059.0

76.75

86.5

101.74

2*10^-31

Ne gomolog

GGT_ECOLI
LGT_BACSU

28.0

38.5

41.0

-3.2

2^3.2

Таблица 3. Характеристика выравнивания гомологов AMW33074.1

ID

AC

Organism

% Identity

% Positive

% Gaps

Site length

Score (B)

Expect

% Coverage

AMY_BACME

P20845

Bacillus megaterium

35

49

13

431

609 (239)

2*10^-75

84.04

AMY3_DICT6

P14899

Dictyoglomus thermophilum H-6-12

34

52

15

423

628 (246)

2*10^-78

84.77

© Иззи Антон,2018