Blast поиск
Характеристики выравнивания белка AMW33074.1 и его гомологи
В результате поиска программой Blast при обычных парамерах было обнаружено 100 гомологов, у всех E-value составляет менее одной тысячной. Максимальное E-value находки
составило 2×10-8. Как оказалось, список был лимитирован числом находок. Поэтому в дополнительных параметрах было выбрано ограничение на 250; теперь находок
оказалось 205, находок с E-value меньше одной тысячной оказалось 139, а максимальное его значение составило 9.3.
В результате изменения параметров поиска, а именно длины слова с 6 на 2, максимальное число находок составило 376, число находок с E-value меньше 0.001 составило
194. Максимальное зачение E-value - 9.8.
В результате ограничения поиска таксоном Actinobacteria, E-value находки P9WQ18.1 с 5×10-44 изменился на 2×10-45. Вес выравнивания при этом не поменялся, ни обычный, ни в битах.
По этим данным можно сделать вывод, что данный таксон занимает 1/25 часть банка ( т.к. 5×10-44 : 2×10-45 = 25).
© Иззи Антон,2018