Предсказание вторичной структуры заданной тРНК. ДНК-белковые контакты.

Задание 1. Предсказание структуры тРНК

С помощью программы einverted пакета 3DNA было проведено предсказание комплементарных пар в молекуле тРНК. Выбранный порог выравнивания - 10. в результате был предсказан только акцепторный стебель.

Участок структуры

Позиции в структуре (по результатам find_pair)

Результаты предсказания с помощью einverted

Результаты предсказания по алгоритму Зукера

Акцепторный стебель

5'-503-507-3'

5'-566-570-3'

5 пар оснований

3 cccca 7

| | | | |

69 ggggt 65

предсказано 5 пар из 5

7 предсказанных пар

D-стебель

5'-510-512-3'

5'-523-525-3'

3 пары оснований

0 пар предсказано

5 пар предсказано

T-стебель

5'-549-553-3'

5'-561-565-3'

5 пар оснований

0 пар предсказано

5 пар предсказано

Антикодоновый стебель

5'-539-543-3'

5'-527-531-3'

5 пар оснований

0 пар предсказано

5 пар предсказано

Общее число канонических пар нуклеотидов

18

5

22

Картинка, полученная с помощью алгоритма Зукера:

Задание 2. Поиск ДНК-белковых контактов

Упражнение 1.Выполнение сетов

Первый сет показывает множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы, второй - множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты. Третий сет определяет множество атомов азота в азотистых основаниях. Ссылка на скрипт:

script1

Упражнение 2. Опись ДНК-белковых контактов.

Путём выполнения команд в Jmol были получены следующие данные:

Контакты атомов белка с

Полярные

Неполярные

Всего

остатками 2'-дезоксирибозы

4

0

4

остатками фосфорной кислоты

25

0

25

остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки

14

0

0

остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки

0

0

0

Это скрипт, по которому и был осуществлён подсчёт этих данных (можно было бы загрузить ещё один апплет, но тогда бы у меня сгорела оперативка).

script2

Упражнение 3.Nucplot

Здеся

можно найти изображение ДНК-белковых контактов, полученных с помощью программы nucplot

C ДНК наибольшее число контактов образуют две аминокислоты: Аргинин 421 и Аргинин 144. Далее иллюстрации.

На данной фотографии изображён Аргинин 421 (Purpel), содинённый двумя связими с гуанином (места контактов обозначены зелёным).

Здесь изображён Аргинин 144 (жёлтый), соединённый двумя связями с фосфатом (зелёный)

© Иззи Антон,2018