В данной работе было произведно множественное выравнивание белков с мнемониками GGT1_HUMAN, GGT1_MOUSE и GGT1_PIG при помощи различных программ (по порядку): дефолтная программа по выравниванию на сайте UniProt, Muscle, Mafft. В ходе работы были выявлены различия в построении выравниваний этими программами.
Ссылка: фйайл
Если посмотреть на 31-ю колонку, то можно заметить, что выравнивания отличаются. Обратите внимание на белок свиньи: при выравнивании с помощью первых двух программ на этой позиции стоят гэпы, а вот при выравнивании с помощью MAFFT там располагается лизин под гомером 31.
В этом же случае получилось наоборот. На 32-й позиции при первых двух выравниваниях у свиньи стоят лизины под номером 31, а вот в последнем на его месте расположен гэп
На 34-ой позиции различие выпало на первое выравнивание. У мыши вместо аспарагиновой кислоты под номером 34, как на последних двух выравниваниях, на первом стоит гэп.
При дальнейшем анализе трёх выравниваний был сделан вывод, что выравнивания при помощи UniProt-овской программы и с помощью Muscle не сильно различются, тогда как большинство различий выпало как раз таки на программу MAFFT.
© Иззи Антон,2018