Назад

A-,B- и Z- формы ДНК

Миссия 1. Создание моделей форм ДНК в Jmol.

На данном этапе с помощью программы Jmol были созданы модели трёх форм ДНК

A-форма B-форма Z-форма

Миссия. Анализ полученных структур

В JMol была загружена модель B-формы ДНК. С использованием этой модели были опрделены атомы цитозина, принадлежащие большой бороздке (окрашены в красный), и атомы, принадлежащие к малой бороздке (окрашены в зелёный)

В сторону малой бороздки обращены атомы O2 C2 N1. В сторону большой бороздки обращены атомы C5 C4 N4.

Также были вычислены характеристики трёх форм ДНК.

A-форма

B-форма

Z-форма

Тип спирали

правая

правая

левая

Шаг спирали (Ангстрем)

28.0

33.75

43.5

Число оснований на виток

11

10

12

Ширина большой бороздки

16.8

17.21

18.32

Ширина малой бороздки

7.98

11.7

9.9

Миссия 3. Изучение структуры ДНК и тРНК

Упражнение 1.

В данном упражнении был произведён поиск сходств в структуре тРНК (ID 1n77) и трёх форм ДНК через торсионные углы, с использованием прогрммы Excel. Данные углов были выделены из файла и занесены в таблицу для подсчёта средних значений. Далее были проведены сравнения. По результатам подсчётов было установлено близкое сходство структуры тРНК и Z-формы ДНК.

Файл

Упражнение 2.

В данном случае был проведён поиск стеблей в структуре тРНК. Далее приведены координаты и номера пар оснований, входящих в состав стеблей. Звёздочкой (*) обозначены неканонические пары оснований

Стебель 1

(0.004) ....>C:.501_:[..G]G-----C[..C]:.572_:C<.... (0.006)

(0.005) ....>C:.502_:[..G]G-*---U[..U]:.571_:C<.... (0.008)

(0.004) ....>C:.503_:[..C]C-----G[..G]:.570_:C<.... (0.004)

(0.004) ....>C:.504_:[..C]C-----G[..G]:.569_:C<.... (0.006)

(0.004) ....>C:.505_:[..C]C-----G[..G]:.568_:C<.... (0.007)

(0.006) ....>C:.506_:[..C]C-----G[..G]:.567_:C<.... (0.006)

(0.005) ....>C:.507_:[..A]A-----U[..U]:.566_:C<.... (0.007)

Стебель 2

(0.008) ....>C:.510_:[..G]G-----C[..C]:.525_:C<.... (0.006)

(0.003) ....>C:.511_:[..U]U-----A[..A]:.524_:C<.... (0.005)

(0.003) ....>C:.512_:[..C]C-----G[..G]:.523_:C<.... (0.004)

(0.007) ....>C:.513_:[..U]U-*---G[..G]:.522_:C<.... (0.009)

Стебель 3

(0.004) ....>C:.539_:[..G]G-----C[..C]:.531_:C<.... (0.002)

(0.006) ....>C:.540_:[..G]G-----C[..C]:.530_:C<.... (0.004)

(0.003) ....>C:.541_:[..C]C-----G[..G]:.529_:C<.... (0.008)

(0.003) ....>C:.542_:[..C]C-----G[..G]:.528_:C<.... (0.007)

(0.004) ....>C:.543_:[..G]G-----C[..C]:.527_:C<.... (0.002)

Стебель 4

(0.004) ....>C:.549_:[..G]G-----C[..C]:.565_:C<.... (0.002)

(0.002) ....>C:.550_:[..G]G-----C[..C]:.564_:C<.... (0.004)

(0.003) ....>C:.551_:[..G]G-----C[..C]:.563_:C<.... (0.006)

(0.003) ....>C:.552_:[..G]G-----C[..C]:.562_:C<.... (0.003)

Пары оснований, не участвующие в формировании стеблей, стабилизируют структуру РНК. Это пары с координатами 8-(*)-46, 14-(*)-21, 15-(*)-48, 19-56, 53-61, 54-(*)-58, 55-(*)-18, 38-(*)-32, 44-(*)-26.