Трансмембранные белки

База данных OPM

Белок: аденозиновый рецептор A1

Толщина гидрофобной части белка в мембране	32.2 ± 1.0 Å
Координаты трансмембранных спиралей	A - Tilt: 8 - TM segments: 1( 8- 32), 2( 46- 71), 3( 79- 103), 4( 125- 144), 5( 177- 201), 6( 235- 259), 7( 267- 288) B - Tilt: 6 - TM segments: 1( 8- 32), 2( 46- 71), 3( 79- 103), 4( 125- 144), 5( 177- 201), 6( 235- 259), 7( 267- 288)
Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали	23
В какой мембране находится белок	чаще всего располагается в мембране синапсов, ингибирует аденилатциклазу

Белок: внешнемембранный белок А (OMPA)

Толщина гидрофобной части белка в мембране	25.4 ± 1.5 Å
Координаты трансмембранных тяжей	1(7-15),2(35-45),3(49-58),4(76-85),5(91-101),6(120-131),7(135-144),8(160-169)
Среднее количество остатков в одном тяже	9
В какой мембране находится белок	Во внешней мембране Грам-отрицательных бактерий

Анализ предсказания трансмембранных спиралей

Предсказание TMHMM

Изображние для 1 цепи:

Изображние для 2 цепи:

Красными столбиками обозначена вероятность того, что данный участок является трансмембранным, розовой линией обозначена вероятность того, что данный белок располагается снаружи мембраны, синей - в цитоплазме

Предсказание Phobius

Изображние для 1 цепи:

Изображние для 2 цепи:

Серым указана вероятность того, что данный участок является трансмембранным, синяя линия - что он лежит снаружи мембраный, зелёная - в цитоплазме, красная - вероятность того, что он является сигнальным пептидом.

В конечном итоге можно сказать, что данные программы не очень хорошо справились с предсказанием, поскольку были несостыковки по координатам, порой даже довольно весомые

База данных TCDB

Для белка аденозиновый рецептор A1

TCID 9.A.14.3.4

Расшифровка:

9 - Не полностью описанные белки транспортной системы (класс)

9.А - Доказана принадлежность к транспортным белкам (хотябы одно семейство)

9.А.14 - Сопряжённые с G-белком рецепторы

9.А.14.3 - семейство

9.A.14.3.4 - собственно белок

Для белка внешнемембранный белок А (OMPA)

Сведений обнаружено не было, только упоминание в References

© Иззи Антон,2019