Выравнивание последовательностей белков

Таблица глобального парного выравнивания 3-х гомологичных пар белков из штамма К12 кишечной палочки и штамма 168 сенной палочки

Имя белка	ID 1	ID 2	Вес выравнивания	% совпадающих букв	% сходных букв	Гэпы	Индели
Glutathione hydrolase proenzyme	GGT_ECOLI	GGT_BACSU	1051.5	39.9%	56.9%	57	18
Isocitrate dehydrogenase [NADP]	IDH_ECOLI	IDH_BACSU	1451.5	65.6%	77.1%	27	5
Cytidylate kinase	KCY_ECOLI	KCY_BACSU	451.5	42.6%	60.0%	9	3

Таблица локального парного выравнивания тех же 3-х гомологичных пар белков

Имя белка	ID 1	ID 2	Вес выравнивания	% совпадающих букв	% сходных букв	Гэпы	Индели	Покрытие 1	Покрытие 2
Glutathione hydrolase proenzyme	GGT_ECOLI	GGT_BACSU	1059.0	40.9%	58.1%	48	17	95.4%	96.4%
Isocitrate dehydrogenase [NADP]	IDH_ECOLI	IDH_BACSU	1453.5	67.0%	78.8%	19	4	96.2%	99.3%
Cytidylate kinase	KCY_ECOLI	KCY_BACSU	463.0	44.9%	63.0%	0	0	100.0%	100.0%

Локальное и глобальное выравнивания негомологичной пары белков из штамма К12 кишечной палочки и штамма 168 сенной палочки

.Глобальное

Имя белка 1	Имя белка 2	ID 1	ID 2	Вес выравнивания	% совпадающих букв	% сходных букв	Гэпы	Индели
Glutathione hydrolase proenzyme	Proliproprotein diacylglycerol transferase	GGT_ECOLI	LGT_BACSU	4.0	0.4%	0.5%	825	2

.Локальное

Имя белка 1	Имя белка 2	ID 1	ID 2	Вес выравнивания	% совпадающих букв	% сходных букв	Гэпы	Индели	Покрытие 1	Покрытие 2
Glutathione hydrolase proenzyme	Proliproprotein diacylglycerol transferase	GGT_ECOLI	LGT_BACSU	28.0	54.5%	73.7%	0	0	1.9%	4.1 %

В сравнении с глобальным выравниванием пар гомологичных белков, глобальное выравнивание данной пары отличается очень сильно. Это заметно и по процентам схожести и по количеству гэпов. Однако локальное выравнивание в связи с малым размером рассматриваемого участка немного даже похоже на локальное выравнивание гомологичных пар.

Вырвнивание в fasta-формате, импортированное в jalview

Глобальное выравнивание белка из кишечной палочки и его гомолога из сенной палочки в виде проекта Jalview

Множественное выравнивание белков

Мною был выбран идентификатор GGT, и всего нашлось семь одинаковых записей по нему. Далее были выбраны 5 белков и было произведено их выравние

Выравнивание 5-ти протеинов

Все белки выровнялись удачно, хорошо выдны все детали выравнивания. Что насчёт гомологии белков, как по мне так в данном случае трудно прийти к однозначному выводу касаемо все пяти экземпляров. Несомненно, здесь присутствуют участки выравнивания, которые полностью идентичны у всех пяти белков, но их всего 19. Если же говорить про гомологию белков, то скорее всего гомологичными могут считаться именно три последних белка (GGT_ECOLI, GGT_BACSU и GGT_BACNA). Консервативные участки встречаются довольно часто.

© Иззи Антон,2018