select bb, DG/N7 or DG/C8 or DG/O6 or DG/C5 or DG/C6 or DC/N4 or DC/C4 or DC/C5 or DC/C6 or DA/N7 or DA/N6 or DA/C5 or DA/C6 or DT/C5 or DT/C4 or DT/C6 or DT/C7 or DT/O4 - большая бороздка
select lb, DG/N9 or DG/N2 or DG/N3 or DG/C4 or DG/C2 or DC/O2 or DC/C2 or DC/N1 or DA/C4 or DA/C2 or DA/N3 or DA/N9 or DT/C2 or DT/O2 or DT/C6 or DT/N1 - малая бороздка

select name, X within R of Y - выборка из атомов из X на расстоянии R от атомов из выборки Y

select rib, ((chain C or chain D) and (name C4' or name C3' or name C2' or name C5' or name C1')) - неполярные атомы дезоксирибозы
select pr_npl, ((chain A or chain B) and (name CA or name C or name CB or name CG or name CE or name CD or name CZ or name CD1 or name CD2 or name CG1 or name CG2 or name CE1 or name CE2 or name SD or name SG)) - неполярные атомы белка
select drib, ((chain C or chain D) and (name O3' or name O4' or name O5')) - полярные атомы дезоксирибозы
select phs, ((chain C or chain D) and (name OP1 or name OP2)) - полярные атомы фосфата
select pr_pol, ((chain A or chain B) and (name N or name O or name NZ or name NE or name NH1 or name NH2 or name OG or name OD1 or name OD2 or name OE1 or name OE2 or name ND1 or name NE2 or name OH or name OG1 or name ND2)) - полярные атомы белка
select ph, ((chain C or chain D) and name P) - неполярные атомы фосфата

Альтернативный вариант выделить нужное для белков (через маски):
select d, ((chain A or chain B) and (name N* or name O*))
select s, ((chain A or chain B) and (name S* or name C*))

select site, pr_pol within 3.5 of (lb and (name N* or name O*)) - поиск полярных контактов с малой бороздкой
select site, pr_npl within 4.5 of (lb and (name C*)) - поиск неполярных контактов с малой бороздкой
select site, pr_npl within 4.5 of (bb and (name C*)) - поиск неполярных контактов с большой бороздкой
select site, pr_pol within 3.5 of (bb and (name N* or name O*)) - поиск полярных контактов с большой бороздкой
select site, pr_pol within 3.5 of phs - поиск полярных контактов с фосфатами
select site, pr_npl within 4.5 of ph - поиск неполярных контактов с фосфатами
select site, pr_pol within 3.5 of drib - поиск полярных контактов с дезоксирибозой
select site, pr_npl within 4.5 of rib - поиск неполярных контактов с дезоксирибозой