Практикум 2

Филогенетическая реконструкция и сравнение деревьев

На Рис. 1 представлено сравнение дерева, полученного с помощью программы FastMe и модели p-distance, с деревом, основанным на таксономии NCBI. Видно, что ошибки реконструкции следующие:

  • Вид TUPGL стал сестринским к кладе (SORCI, SORCO), создав ошибочную кладу (TUPGL, (SORCI, SORCO)).
  • Клада (PONPY, LEMCA) стала сестринской к кладе (LEPYA, SYLPA), хотя должна входить в кладу (TUPGL, (PONPY, LEMCA)), которая является сестринской к кладе ((HYSAF, PSAVE), (LEPYA, SYLPA)).
  • Из-за вида TUPGL нарушена структура двух глобальных клад, тех, что отходят от корня на дереве таксономии (эти две клады соотвествуют Эуархонтоглирам и Лавразиатериям).
Рис. 1. Слева представлено дерево, построенное на основании таксономии, а справа дерево, полученное с помощью программы FastMe и моделью p-distance.

Далее на Рис. 2 приведено сравнение дерева, построенного той же программой FastMe, но уже моделью MtREV, с тем же таксономическим деревом. Ошибки реконструкции здесь следующие:

  • Образовалась ошибочная клада (TUPGL, (SORCI, SORCO)).
  • Образовалась ошибочная клада (HYSAF, (MYOMA, PIPKU)).
  • Вид PSAVE стал сестринским к кладе приматов (PONPY, LEMCA), хотя должен входить в кладу (PSAVE, HYSAF), которая ближе к кладе (LEPYA, SYLPA).
  • Из-за двух видов HYSAF и TUPGL вновь нарушена структура двух глобальных клад.
Рис. 2. Слева представлено дерево, построенное на основании таксономии, а справа дерево, полученное с помощью программы FastMe и моделью MtREV.

Наконец, на Рис. 3 уже сравнивалось дерево, построенное другой программой, а именно IQ-Tree. Ошибки реконструкции следующие:

  • Образовалась ложная клада (PSAVE, TUPGL), которая стала сестринской к кладе (SORCI, SORCO), хотя оба этих вида должны быть в другой глобальной кладе.
  • Вид HYSAF стал сестринским к кладе (PONPY, LEMCA), хотя вместе с видом PSAVE должен образовывать кладу, сестринскую к кладе (LEPYA, SYLPA).
  • Вновь глобальное нарушение двух клад, на этот раз из-за видов TUPGL и PSAVE.
Рис. 3. Слева представлено дерево, построенное на основании таксономии, а справа дерево, полученное с помощью программы IQ-Tree с параметрами по умолчанию.