Учебный сайт Сергея Маргасюка

Краткое описание генома вируса Deformed wing virus

Deformed wing virus(DWV) — РНК-вирус, один из 20 известных вирусов, вызывающих болезни у медоносных пчел, Apis mellifera. Вирус впервые был выделен из больных пчел в начале 80-х годов XX века в Японии, на данный момент распространен повсеместно. Основным переносчиком DWV между пчелами является паразитический клещ Varroa. Название вируса дано по наиболее явному повреждению, которое он вызывает в развивающейся куколке — сморщиванию и деформации крыльев, хотя есть и другие симптомы.

Описание вируса

Вирион имеет форму икосаэдра размером около 30 нм, он состоит из генома(одной линейной молекулы РНК положительной полярности) и трех основных структурных белков.

Геном вируса может быть обнаружен с помощью полимеразной цепной реакции с обратной транскриптазой в голове, груди, брюшке и крыльях зараженных пчел (во всех частях тела, кроме ног).

Симптомы

Существует предположение, что DWV вызывает деформации крыльев и брюшка, часто наблюдаемые в колониях, пораженных клещами Varroa. Зараженные пчелы обычно имеют поврежденные придатки, укороченные, нефункциональные крылья, укороченное, закругленное брюшко, нехарактерно окрашенные и парализованные конечности. Пчелы, имеющие данные симптомы, имеют меньшую продолжительность жизни (обычно меньше 48 часов) и обычно изгоняются из улья.

Передача вируса

В отсутствие клещей заражение вирусом часто протекает в бессимптомной форме; вирус передается между взрослыми (рабочими) пчелами вместе с маточным молочком и от матки или трутня к потомству.

Тяжелые симтомы при заражении DVW проявляются, когда улей также заражен клещом Varroa destructor. Он является переносчиком вируса, возможно, в организме клеща происходит также увеличение количества частиц вируса. Кроме того, сочетание зараждения вирусом и клещом приводит к резкому снижению иммунитета и увеличивает уязвимость для оппортунистических инфекций. Это, как предполагается, является распространенной причиной синдрома разрушения пчелиной семьи [1].

Краткое описание генома DWV

В таблице 1 приведены некоторые важные показатели, характеризующие геном Deformed wing virus:

Таблица 1. Основные параметры генома Deformed wing virus
Латинское название вируса Deformed wing virus
Русское название вируса Вирус деформации крыла
Количество фрагментов в полном геноме 1
Общая длина генома, п.н. 10140 [1]
Количество кодируемых в геноме белков 1 (полипротеин) [2]

Далее представлена аминокислотная последовательность белка вируса в FASTA-формате [3]:

>gi|31540604|gb|AAP49283.1| polyprotein [Deformed wing virus]
MAFSCGTLSYSAVAQAPSVAYAPRTWEVDEARRRRVIKRLALEQERIRNVLDVGVYDQAT
WEQEDARDNEFLTEQLNNLYTIYSIAERCTRRPIKEYSPISVSNRFAPLESLKVEVGQEA
GECIFKKPKYTRVCKKVKRVATRFVREKVVRPMCSRSPMLLFKLKKIIYDLHLYRLRKQI
RMLRRQKQRDYELECVTNLLQLSNPVQAKPEMDNPNPGPDGEGEVELEKDSNVVLTTQRD
PSTSIPAPVSVKWSRWTSNDVVDDYATITSRWYQIAEFVWSKDDPFDKELARLILPRALL
SSIEANSDAICDVPNTIPFKVHAYWRGDMEVRVQINSNKFQVGQLQATWYYSDHEDLNIS
SKRSVYGFSQMDHALISASASNEAKLVIPFKHVYPFLPTRIVPDWTTGILDMGALNIRVI
APLRMSATGPTTCNVVVFIKLNNSEFTGTSSGKFYASQIRAKPEMDRILNLAEGLLNNTI
GGNNMDNPSYQQSPRHFVPTGMHSLALGTNLVEPLHALRLDAAGTTQHPVGCAPDEDMTV
SSIASRYGLIRRVQWKKDHAKGSLLLQLDADPFVEQRIEGTNPISLYWFAPVGVVSSMFM
QWRGSLEYRFDIIASQFHTGRLIVGYVPGLTASLQLQMDYMKLKSSSYVVFDLQESNSFT
FEVPYVSYRPWWVRKYGGNYLPSSTDAPSTLFMYVQVPLIPMEAVSDTIDINVYVRGGSS
FEVCVPVQPSLGLNWNTDFILRNDEEYRAKTGYAPYYAGVWHSFNNSNSLVFRWGSASDQ
IAQWPTISVPRGELAFLRIKDGKQAAVGTQPWRTMVVWPSGHGYNIGIPTYNAERARQLA
QHLYGGGSLTDEKAKQLFVPANQQGPGKVSNGNPVWEVMRAPLATQRAHIQDFEFIEAIP
EGEESRNTTVLDTTTTLQSSGFGRAFFGEAFNDLKTLMRRYQLYGQLLLSVTTDKDIDHC
MFTFPCLPQGLALDIGSAGSPHEIFNRCRDGIIPLIASGYRFYRGDLRYKIVFPSNVNSN
IWVQHRPDRRLEGWSAAKIVNCDAVSTGQGVYNHGYASHIQITRVNNVIELEVPFYNATC
YNYLQAFNASSAASSYAVSLGEISVGFQATSDDIASIVNKPVTIYYSIGDGMQFSQWVGY
QPMMILDQLPAPVVRAVPEGPIAKIKNFFHQTADEVREAQAAKMREDMGMVVQDVIGELS
QAIPDLQQPEVQANVFSLVSQLVHAIIGTSLKTVAWAIVSIFVTLGLIGREMMHSVITVV
KRLLEKYHLATQPQESASSSTVISAVPEAPNAEAEEASAWVSIIYNGVCNMLNVAAQKPK
QFKDWVKLATVDFSNNCRGSNQVFVFFKNTFEVLKKMWGYVFCQSNPAARLLKAVNDEPE
ILKAWVKECLYLDDPKFRMRRAHDQEYIERVFAAHSYGQILLHDLTAEMNQSRNLSVFTR
VYDQISKLKTDLMEMGSNPYIRRECFTICMCGASGIGKSYLTDSLCSELLRASRTPVTTG
IKCVVNPLSDYWDQCDFQPVLCVDDMWSVETSTTLDKQLNMLFQVHSPIVLSPPKADLEG
KKMRYNPEIFIYNTNKPFPRFDRIAMEAIYRRRNVLIECKASEEKKRGCKHCENDIPIAE
CSPKMLKDFHHIKFRYAHDVCNSETTWSEWMTYNEFLEWITPVYMANRRKANESFKMRVD
EMQMLRMDEPLEGDNILNKYVEVNQRLVEEMKAFKERTLWSDLHRLGAEISASVKKALPT
ISITEKLPHWTVQCGIAKPEMDHAYEVMSSYAAGMNAEIEAHEQVRRSSVECQYAEPQAP
RNPDDEGPTIDEELMGDTEFTSQALERLVDEGYITGKQKKYIATWCSKRREHTADFDLVW
TDNLRVLSAYVHERSSSTRLSTDDVKLYKTISMLHQKYDTTECAKCQHWYAPLTDIYVDD
KKLFWCQKEKKTLIDVRKLSKEDVTVQSKLINLSVPCGDVCMLHSKYFNYLFHKAWLFEN
PTWRLIYNGTKKGMPEYFMNCVDEISLDSKFGKVKVWLQAIIDKYLTRPVKMIRDFLFKW
WPQVAYVLSLLGIIGITAYEMRNPKPTSEELADHYVNRHCSSDFWSPGLASPQGLKYSEA
VTVKAPRIHRLPVTTKPQGSTQQVDAAVNKILQNMVYIGVVFPKVPGSKWRDINFRCLML
HNRQCLMLRHYIESTAAFPEGTKYYFKYIHNQETRMSGDISGIEIDLLNLPRLYYGGLAG
EESFDSNIVLVTMPNRIPECKSIIKFIASHNEHIRAQNDGVLVTGDHTQLLAFENNNKTP
ISINADGLYEVILQGVYTYPYHGDGVCGSILLSRNLQRPIIGIHVAGTEGLHGFGVAEPL
VHEMFTGKAIESEREPYDRVYELPLRELDESDIGLDTDLYPIGRVDAKLAHAQSPSTGIK
KTLIHGTFDVRTEPNPMSSRDPRIAPHDPLKLGCEKHGMPCSPFNRKHLELATNHLKEKL
VSVVKPINGCKIRSLQDAVCGVPGLDGFDSISWNTSAGFPLSSLKPPGTSGKRWLFDIEL
QDSGCYLLRGMRPELEIQLSTTQLMRKKGIKPHTIFTDCLKDTCLPVEKCRIPGKTRIFS
ISPVQFTIPFRQYYLDFMASYRAARLNAEHGIGIDVNSLEWTNLATRLSKYGTHIVTGDY
KNFGPGLDSDVAASAFEIIIDWVLHYTEEDNKDEMKRVMWTMAQEILAPSHLYRDLVYRV
PCGIPSGSPITDILNTISNCLLIRLAWLGITDLPLSEFSQNVVLVCYGDDLIMNVSDNMI
DKFNAVTIGKFFSQYKMEFTDQDKSGNTVKWRTLQTATFLKHGFLKHPTRPVFLANLDKV
SVEGTTNWTHARGLGRRTATIENAKQALELAFGWGPEYFNYVRNTIKMAFDKLGIYEDLI
TWEEMDVRCYASA
        

Ссылки:


© Сергей Маргасюк, 2015