Учебный сайт Сергея Маргасюка

Изображение выравнивания

Для выполнения задания было построено множественное выравнивание шести белковых последовательностей: UniProt ID K0B2Y9_CLOA9; B0EDK9_ENTDS; D5CPU0_SIDLE; K9FKW1_PEND2; GCSH_CLAMS; A1VQQ8_POLNA (файл, содержащий последовательности в формате FASTA, доступен по ссылке: pr9-in.fasta). Выравнивание было построено с помощью сервиса Muscle, запущенного в программе JalView. Из выравниваний были удалены краевые участки, не дающие информации о сходстве последовательностей (содержащие гэпы и не содержащие консервативные колонки).

Согласно условию задания, из 6 последовательностей только одна не гомологична всем остальным. После анализа данных выравнивания (программа выделяет консерватичные участки цветом, поэтому заметно увеличение числа консервативных участков при удалении одной из последовательностей из выравнивания) можно предположить, что "лишней" в наборе является первая последовательность (UniProt ID K0B2Y9_CLOA9). Далее приведено изображение выравнивания оставшихся пяти последовательностей, раскрашенное по схеме BLOSUM62 с порогом по консервативности 30%:

Диаграмма 1: множественное выравнивание

Далее приведен список ссылок на файлы, содержащие результаты выполнения задания практикума:

pr9-out.fasta и pr9.msf — выравнивание пяти гомологичных последовательностей в форматах FASTA и MSF соответственно;
pr9.jvp — проект Jalview, содержащий исходное выравнивание (6 последовательностей) в раскраске BLOSUM62 с порогом по консервативности 30%, и два изображения выравнивания 5 гомологичных последовательностей (в раскрасках BLOSUM62 и ClustalX с порогом по консервативности 30%).