Предсказание генов было проведено для скэффолда NW_007281471, принадлежащего Chrysemys picta bellii (расписная черепаха) из семейства Emydidae (американские пресноводные черепахи).
Данный скэффолд содержит 2569866 п.н., на нем аннотированы 21 генов и 40 (с учетом изоформ) белок-кодирующих последовательностей. На рисунке 1 представлены мРНК и изоформы белка, транслируемого с гена KCNQ1, отображенные в геномном браузере.
Для предсказания генов организма была использована программа AUGUSTUS, запущенная на сервере; вставка 1 содержит параметры запуска программы.
Prediction job ID: predDq6XeHEb AUGUSTUS parameter project identifier: chicken Genome file: sequence.fasta User set UTR prediction: false Report genes on: both strands Alternative transcripts: none Allowed gene structure: predict any number of (possibly partial) genes Ignore conflictes with other strand: false
Для получения параметров модели был использован организм Gallus gallus domesticus, программа запускалась без предсказания нетранслируемых регионов, поиск генов производился на обеих цепях, без учета альтернативных транскриптов, с учетом возможности альтернативного сплайсинга; предполагаемые гены с разных цепей не должны пересекаться. В таблице 1 содержится информация о файлах, выданных программой.
| файл | содержание |
| augustus.aa | последовательности предположительно транслируемых белков в формате fasta |
| augustus.cdexons | последовательности предсказанных экзонов в формате fasta |
| augustus.codingseq | предсказанные белок-кодирующие последовательности в формате fasta |
| augustus.gbrowse | трек предсказанных генов для программы GBrowse |
| augustus.gff | предсказание генов в формате gff |
| augustus.gtf | предсказание генов в формате gtf |
Предсказание AUGUSTUS в целом мало совпадает с аннотацией GenBank: например, предсказано очень большое число мРНК и генов в участках, пустых в аннотации. Предсказание гена KCNQ1 также не очень удачно: хотя большая часть его интронов предсказана, они помещены программой в большое количество небольших генов. Это может быть объяснено тем, что программа оценивает качество предполагаемых генов по сходству с параметрами для организма, выбранного для построения модели: среди предложенных организмов ближайшим таксономически к рептилиям была птица, возможно, сходство организмов из разных классов недостаточно для поиска генов.