Учебный сайт Сергея Маргасюка

• Главная
• Обучение
• Обо мне

Чтение последовательностей по Сэнгеру

Для выполнения задания были проанализированы хроматограммы, полученные в результате работы капиллярного секвенатора. Далее представлены ссылки на файлы, содержащие исходные данные о хроматограммах:

• прямая цепь: ссылка;
• обратная цепь: ссылка;

Характеризуем приведенную хроматограмму. Перед анализом хроматограмм были удалены нечитаемые концевые участки: 1..17 и 710..714 для прямой и 1..37 и 715..723 для обратной. Качество данной хроматограммы представляется мне отличным: соотношение сигнал/шум около 10, пики отличаются друг от друга по высоте примерно в 2-3 раза, разброс уровня шума такой же.

На рисунке 1 изображен участок хроматограмм (прямая снизу, обратная сверху) на котором построение последовательности кажется мне неоднозначным.

Отметим сомнительные участки:

• расстояние между пиками в позициях 53 и 54 приблизительно в 2 раза больше обычного: поскольку высокого уровня других нуклеотидов не показано ни на прямой цепи, ни на обратной, других нуклеотидов между 53 и 54 не вставлено;
• в позиции 69 рядом с пиком T обнаружен сопоставимый по высоте пик G, которого нет на обратной цепи: программа не выдает данных (N) по данному нуклеотиду, исправлен на t;
• в позиции 78 уровень пика G ниже, чем уровень C: поскольку пик G есть и на комплементарной цепи, нуклеотид G на этой позиции сохранён;
• в позициях 78..80 уровень шума, соответствующего T, сопоставим с уровнем пиков: поскольку на обратной цепи высокий уровень C не наблюдается, данные программы оставлены без изменений;

На диаграмме 1 представлено выравнивание полученных последовательностей: прямой и обратной, переведенной в прямую:

Ссылка на файл с проектом JalView: project.jvp

Ссылка на выравнивание полученных последовательностей в формате FASTA: align.fasta

Пример нечитаемой последовательности

В приведенном ниже примере крупным пикам в большинстве случаев сопутствуют другие, более низкие по уровню, но правильные по форме. Присутствие сравнимых по размеру пиков может быть объяснено либо полиморфизмом, либо присутствием в образце нескольких различных молекул ДНК; поскольку на данном участке дополнительные пики присутствуют в большинстве позиций, предполагается, что в образце есть отличные от секвенируемой молекулы ДНК.