Метаболический путь map00633 nitrotoluene degradation (разложение нитротолуола) включает реакцию 1.14.12.24 — превращение 2,4-динитротолуола в 4-метил-5-нитрокатехол. Она катализируется белками ортологических рядов nahAc, nahAd, nahAb, nahAa. Далее рассматривались белки первых двух ортологических рядов: K14579 и K14580 — α- и β-субъединицы нафталин 1,2-диоксигеназы. В этих рядах 10 и 11 белковых последовательности UniProt соответственно.
Было получено множественное выравнивание всех белков, входящих в эти два ряда: alignment.mfa, alignment.jvp
Опишем полученное выравнивание: внутри рядов гэпы на множественном выравнивании расположены одинаково, но консервативных по всем последовательностям позиций очень мало. Построенные по двум рядам отдельно множественные выравнивания (k-alignment.jvp) почти не содержат внутренних гэпов, консервативных позиций значительно больше, чем на общем выравнивании. Таким образом, белки сходны внутри рядов и сильно различаются между рядами, можно говорить только об отдельных вертикальных блоках, покрывающих менее 50% выравнивания: они соответствуют сходству отдельных доменов внутри белков. Аналогично не имеет смысла построение филогенетического дерева по объединению рядов: оно распадётся на клады, соответствующие рядам.