Учебный сайт Сергея Маргасюка

Геномное окружение. База данных GO

Отнесение к COG было проведено для белка Desulfovibrio vulgaris YP_002434696.1 (новый accession: WP_012611422.1) — малой субъединицы [NiFe] гидрогеназы. Белок принадлежит к COG1740 — Ni,Fe-hydrogenase I small subunit (малая субъединица Ni,Fe-гидрогеназы I), относящемуся к функциональной категории C — Energy production and conversion (получение и преобразование энергии). E-value отнесения белка к COG равно 5.78e-132, из 317 а.о. белка к COG отнесены 10..315.


Рисунок 1: геномное окружение белка (получено в COGNAT)

Ген, кодирующий малую субъединицу всегда расположен рядом с геном, кодирующим большую (COG0374); кроме того, иногда рядом расположены гены, кодирующие фактор созревания (COG0680) и цитохром b субъединицу этого же белка (COG1969).

Отнесение белка WP_012611422.1 из организма Desulfovibrio vulgaris к терминам GO.

Белок с помощью BLAST в AmiGO был сопоставлен с GO-аннотированными белками.Лучший (по e-value) результат поиска в базе данных GO для белка — SO_2099 (quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, small subunit precursor), e-value = 5.1e-67. Приведём аннотацию найденного белка по базе данных GO (получена при переходе по ссылке annotations под белком SO_2099):

Таблица 1: термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot ID Q8CVD3 (Q8CVD3_SHEON)
аспект идентификатор GO название термина перевод названия код типа достоверности
Биологический процесс GO:0008901 ferredoxin hydrogenase activity ферредоксин гидрогеназная активность ISS

Код ISS (Inferred from Sequence or Structural Similarity) значит, что термин присвоен на основе анализа последовательности, при этом повод для аннотации был просмотрен и одобрен человеком (по данным Gene Ontology Consortium).


© Сергей Маргасюк, 2015-2016