Отнесение к COG было проведено для белка Desulfovibrio vulgaris YP_002434696.1 (новый accession: WP_012611422.1) — малой субъединицы [NiFe] гидрогеназы. Белок принадлежит к COG1740 — Ni,Fe-hydrogenase I small subunit (малая субъединица Ni,Fe-гидрогеназы I), относящемуся к функциональной категории C — Energy production and conversion (получение и преобразование энергии). E-value отнесения белка к COG равно 5.78e-132, из 317 а.о. белка к COG отнесены 10..315.
Ген, кодирующий малую субъединицу всегда расположен рядом с геном, кодирующим большую (COG0374); кроме того, иногда рядом расположены гены, кодирующие фактор созревания (COG0680) и цитохром b субъединицу этого же белка (COG1969).
Белок с помощью BLAST в AmiGO был сопоставлен с GO-аннотированными белками.Лучший (по e-value) результат поиска в базе данных GO для белка — SO_2099 (quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, small subunit precursor), e-value = 5.1e-67. Приведём аннотацию найденного белка по базе данных GO (получена при переходе по ссылке annotations под белком SO_2099):
аспект | идентификатор GO | название термина | перевод названия | код типа достоверности |
Биологический процесс | GO:0008901 | ferredoxin hydrogenase activity | ферредоксин гидрогеназная активность | ISS |
Код ISS (Inferred from Sequence or Structural Similarity) значит, что термин присвоен на основе анализа последовательности, при этом повод для аннотации был просмотрен и одобрен человеком (по данным Gene Ontology Consortium).