Поиск по PDB и содержание PDB файла

Данная страница находится на стадии разработки.

Атомы с коэффициентом occupancy, не равным 1

Вставка 1 — координаты двух вариантов CA атома остатка SER54 из структуры 6eio. Их Occupancy — 0.56 и 0.44 соответственно.

ATOM    271  CA ASER A  54      21.302 -12.037  -4.190  0.56  8.71           C  
ANISOU  271  CA ASER A  54     1491   1018    798   -297   -144     45       C  
ATOM    272  CA BSER A  54      21.308 -11.945  -4.212  0.44  9.33           C  
ANISOU  272  CA BSER A  54     1469   1257    818   -110   -163    -51       C

Отсутствующие остатки

Вставка 2 — описание нерасшифрованных остатков из структуры 1pfc.

REMARK 465                                                                      
REMARK 465 MISSING RESIDUES                                                     
REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE                       
REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN               
REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.)                
REMARK 465                                                                      
REMARK 465   M RES C SSSEQI                                                     
REMARK 465     ILE A   332                                                      
REMARK 465     THR A   333

Несовпадение последовательности из Uniprot с последовательностью кристаллизованного белка

Вставка 3 — описание остатков, которые есть в поле SEQREF, но отсутствуют в последовательности кристаллизованного белка.

REMARK 465                                                                      
REMARK 465 MISSING RESIDUES                                                     
REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE                       
REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN               
REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.)                
REMARK 465                                                                      
REMARK 465   M RES C SSSEQI                                                     
REMARK 465     MET A    23                                                      
REMARK 465     LYS A    24                                                      
REMARK 465     LYS A    25                                                      
REMARK 465     GLU A    26                                                      
REMARK 465     LYS A    27                                                      
REMARK 465     ASN A    28                                                      
REMARK 465     ASP A    29                                                      
REMARK 465     PRO A    30                                                      
REMARK 465     THR A    31                                                      
REMARK 465     THR A    32                                                      
REMARK 465     PRO A    33                                                      
REMARK 465     GLY A    34                                                      
REMARK 465     THR A    35                                                      
REMARK 465     THR A    36                                                      
REMARK 465     THR A    37

B-фактор атомов

Вставка 4 — строки pdb-файла структуры 6eio с (приблизительно) лучшим (низшим) и худшим B-фактором (1.67 и 96.76 соответственно).

ATOM    316  H  BASN A  56      18.296 -13.790  -4.722  0.50  1.67           H
ATOM     11  HG1 THR A  38      -4.304 -16.207 -29.994  1.00 96.76           H

Учебный сайт Сергея Маргасюка