Для сравнения выбраны модели лизоцима курицы 194L (РСА с разрешением 1.4Å) и 1E8L (ЯМР с 50 придложенными конформерами). Анализировали параметры трёх водородных связей: O(Asn27) <- N(Aln31) (связь в α-спирали в ядре белка), O(Leu56)<- NE1(Trp108) (связь с участием боковой цепи в ядре белка, в петле), O(Thr43) <- ND2(Asn44) (связь в петле на поверхности глобулы). В таблице 1 представлен результат анализа длин этих связей (использован скрипт diststat.py)
| связь №1 | связь №2 | связь №3 | |
| расстояние в РСА, Å | 2.9 | 2.7 | 3.3 |
| # моделей ЯМР, в которых есть эта связь | 50 | 50 | 5 |
| мин. длина связи в ЯМР | 2.95 | 2.45 | 3.12 |
| макс. длина связи в ЯМР | 3.24 | 2.96 | 5.71 |
| мед. длина связи в ЯМР | 3.09 | 2.88 | 4.92 |
Отметим, что параметры связей №1 и №2 примерно одинаковы в обеих моделях, связь №3 существенно длиннее в ЯМР-модели (фактически водородная связь отсутствует). Это объясняется дополнительной компактизацией белка при кристаллизации: свободно лежащие (в растворе) части белка могут быть сближены с образованием новых контактов (таких, как №3), а и без того плотно упакованные (внутренние) части белка почти не "сжимаются" (~ та же длина связей 1 и 2).