Вторичная структура модели 6eio определена с помощью программы DSSP, выдача программы: dssp.txt. По данным заголовка PDB-файла в структуре 3 α-спирали и 4 β-листа (см. вставку 1). Анализировали выдачу программы для одной α-спирали (2) и трех β-тяжей (1,2,4).
HELIX 1 AA1 LEU A 52 ASN A 56 5 5 HELIX 2 AA2 ASP A 102 ARG A 122 1 21 HELIX 3 AA3 LEU A 192 SER A 194 5 3 SHEET 1 AA1 7 ILE A 93 ASN A 95 0 SHEET 2 AA1 7 ASN A 73 THR A 75 1 N ILE A 74 O ASN A 95 SHEET 3 AA1 7 THR A 247 VAL A 249 1 O PHE A 248 N ASN A 73 SHEET 4 AA1 7 THR A 229 ALA A 236 1 N GLY A 232 O VAL A 249 SHEET 5 AA1 7 PHE A 58 ALA A 62 1 N ILE A 61 O ALA A 236 SHEET 6 AA1 7 ASP A 77 LEU A 80 1 O GLY A 79 N VAL A 60 SHEET 7 AA1 7 LEU A 98 ILE A 100 1 O HIS A 99 N LEU A 78 SHEET 1 AA2 9 ILE A 93 ASN A 95 0 SHEET 2 AA2 9 ASN A 73 THR A 75 1 N ILE A 74 O ASN A 95 SHEET 3 AA2 9 THR A 247 VAL A 249 1 O PHE A 248 N ASN A 73 SHEET 4 AA2 9 THR A 229 ALA A 236 1 N GLY A 232 O VAL A 249 SHEET 5 AA2 9 SER A 211 ALA A 218 1 N VAL A 216 O ARG A 233 SHEET 6 AA2 9 ILE A 196 VAL A 200 1 N TRP A 198 O THR A 215 SHEET 7 AA2 9 PHE A 169 ILE A 173 1 N ILE A 171 O GLN A 199 SHEET 8 AA2 9 GLY A 142 SER A 146 1 N SER A 146 O GLN A 172 SHEET 9 AA2 9 VAL A 128 THR A 129 1 N VAL A 128 O LEU A 143 SHEET 1 AA3 8 SER A 85 GLY A 87 0 SHEET 2 AA3 8 SER A 65 THR A 69 1 N VAL A 66 O GLY A 87 SHEET 3 AA3 8 VAL A 241 GLU A 244 1 O MET A 243 N THR A 67 SHEET 4 AA3 8 ILE A 222 PHE A 224 1 N PHE A 224 O THR A 242 SHEET 5 AA3 8 ALA A 204 PHE A 206 1 N PHE A 206 O THR A 223 SHEET 6 AA3 8 LEU A 177 THR A 179 1 N LEU A 177 O SER A 205 SHEET 7 AA3 8 LEU A 150 VAL A 152 1 N VAL A 152 O THR A 178 SHEET 8 AA3 8 GLY A 132 ASN A 133 1 N GLY A 132 O ALA A 151 SHEET 1 AA4 3 THR A 138 LEU A 139 0 SHEET 2 AA4 3 VAL A 157 ASP A 160 1 O THR A 158 N LEU A 139 SHEET 3 AA4 3 VAL A 185 SER A 188 1 O LEU A 186 N VAL A 157
Для этих элементов DSSP предсказывает границы 103-121 (отмечены кодом H — α-спираль), 93-95 (E — расширенный тяж, участвующий в β лестнице), 73-75 (E), 229-236 (E). Таким образом, границы этих элементов в выдаче DSSP и заголовке PDB-файла совпадают; возможно, авторы расшифровки использовали DSSP для аннотации вторичной структуры.