Для совмещения выбраны структуры двух других белков, связывающих лед: FFIBP (структура 4nu2) и LEIBP (структура 3uyu). Для этих структур RMSD с моделью 6eio равны 0.95 и 1.01 соответственно, доля последовательности, покрытой выравниванием (%sse) — 82% и 91% соответственно. Для этих файлов было получено структурное выравнивание (fasta.seq), файл с совмещенными структурами (send.rasmol) и выравнивание последовательностей, построенное с помощью Muscle (muscle.fasta)
Рассмотрим один из случаев несовпадения структурного выравнивания и выравнивания Muscle — остаток Ala105 в модели 6eio (нумерация PDB). На рисунке 1 показано его положение — конец α-спирали, хорошо совмещенной наложением.
На рисунках 2 и 3 показаны остатки, стоящие с Ala 105 в столбце структурного выравнивания (Leu132, Leu100) и выравнивания Muscle (Gly121, Thr94).
Учитывая принадлежность остатка Ala105 к хорошо совмещенному наложением участку, можно сделать вывод, что структурное выравнивание здесь верно.