Учебный сайт Сергея Маргасюка

Поиск гидрофобных кластеров

Сервис CluD использован для поиска гидрофобных кластеров в модели 3g46 (димер гемоглобина) во всей структуре и в контакте между цепями

Гидрофобные кластеры модели 3g46 внутри структуры

Рассмотрим поверхность, доступную растворителю (SAS), в модели 3g46. Она имеет полость между мономерами, и ожидается, что при поиске гидрофобных кластеров будет найдено 2 кластера, соответствующих этим мономерам.

Рисунок 1: SAS модели 3g46

Такой результат получается при значении параметра "Distance threshold: 4.4 Å" (рисунок 2)

Рисунок 2: два гидрофобных кластера модели 3g46

Гидрофобные кластеры модели 3g46 в контакте между цепями

Контакт между цепями виден "сзади" (по сравнению с предыдущим направлением камеры) (рисунок 3). Поверхность выглядит как несколько гидрофобных кластеров, разделенных впадинами.

Рисунок 3: SAS модели 3g46, вид с другой стороны

Такой результат получается при значении параметра "Distance threshold: 4.5 Å" (рисунок 4)

Рисунок 4: гидрофобные кластеры модели 3g46 во взаимодействии между цепями