Визуализация молекул в Jmol

Structure of PP1-spectrin alpha II chimera [PP1(7-304) + linker (G/S)x9 + spectrin alpha II (1025-1039)] bound to Phactr1 (516-580)

PDB: 6ZEH

Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
#	Имена атомов	Длина связи (Å)	Угол N-H-O (°)
Альфа-спирали
1	N(550LYS)- O(546THR)	2.94	163.12
2	N(551ALA)- O(547ALA)	3.04	161.55
3	N(552ALA)- O(548ALA)	2.94	155.48
4	N(553ILE)- O(549ASP)	2.91	150.17
5	N(554ARG)- O(550LYS)	2.91	166.78
6	N(555LYS)- O(551ALA)	3.07	163.24
7	N(556GLU)- O(552ALA)	2.89	160.23
8	N(557LEU)- O(553ILE)	2.82	167.15
9	N(558ASN)- O(554ARG)	2.91	165.02
10	N(559GLU)- O(555LYS)	2.91	164.48
11	N(560PHE)- O(556GLU)	2.95	169.39
12	N(561LYS)- O(557LEU)	2.9	166.54
	Средние значения	2.93±0.07 *	162.76±5.41 *
Бета-тяжи
1	N(280GLY)- O(296LEU)	2.94	163.39
2	N(296LEU)- O(280GLY)	2.71	168.92
3	N(282MET)- O(294GLN)	2.95	156.43
4	N(294GLN)- O(282MET)	2.96	163.70
5	N(284SER)- O(292SER)	2.74	154.51
6	N(292SER)- O(284SER)	2.89	153.40
	Средние значения	2.87±0.11 *	160.01±6.18 *
			* Стандартное отклонение

Сравнение геометрии связей с данными из литературных источников

Элемент вторичной структуры	Длина связи (Å)	Угол N-H-O (°)
Альфа-спирали	2.99±0.14	155±11
Бета-тяжи (антипараллельные)	2.91±0.14	160±10

В целом большая часть измереных значений укладывается в диапазон одного стандартного отклонения по литературным данным. Можно заключить, что произведенные измерения согласуюстся с референсными значениями.

Источники

Baker, E. N., & Hubbard, R. E. (1984). Hydrogen bonding in globular proteins. Progress in Biophysics and Molecular Biology, 44(2), 144-153